上文讲到张无忌一家人扬帆入海，在茫茫大海上漂流了二十余日，期间虽然生活困苦，但一家三口谈文论武，倒也是其乐融融。
一日，海面上忽然漂来一物，张翠山眼见有异，手中竹竿挥出，施展出武当心法中的粘字诀，一提一挑，将那物挑上木筏，却是一个被绑在圆木上的活人。虽然这人已经奄奄一息，但木筏上既然有张无忌这等神医妙手，他性命自然不成问题。
经过简单的救治，那人很快便苏醒过来，自称是华山弟子风无羁，与张无忌之名倒是颇为相似。风无羁本是华山派本代最出色的弟子，但遭到同门师兄鲜于通的妒忌，并因而被暗算，若不是遇到张无忌一家三口，他一只脚已经踏进了鬼门关。
之后的几天里，张无忌虽然缺少药物，但还是指点张翠山对风无羁进行了一系列的治疗，甚至治好了他的一些多年内患隐疾。这让风无羁大为感激，同时也深深折服于这对父子的内力造诣和医术手段。
在景色一成不变的大海中漂泊，几人很快就由新奇变为了厌倦，不过，他们倒也不愁打发时间。每日里，殷素素都会抽时间教儿子诗词人文，或是玩些文字游戏，张无忌虽然已经略略藏拙，但依旧让殷素素大为吃惊，而边上两个旁观者，张翠山心中欣慰，风无羁则暗暗心惊，同时也隐生期待，因为他的儿子也快要出生了。
除了习文的时间，木筏上几位武林名门弟子，自然以论武来打发时间。武当张五侠的大名，早已传遍武林，而华山风无羁的名字，张翠山也略有而闻，当下四人评论天下各派武功，说到兴起，还不时比划几招，只不过，每次的论武最终都是由四人争论，变为张无忌一家三口之争，然后又成为张翠山父子之争，因为四人中，风无羁无论武学修为还是见识，都是最弱，殷素素虽然自小对武功不是太热心，但在父亲白眉鹰王的教导下，眼界倒也不低，尤其是最仅得了九阴真经之学，更是武功大进，不过，她和丈夫张翠山一比，还是明显弱了一筹，武当张三丰学究天人，其弟子哪怕学到一点皮毛，也足够笑傲江湖了。至于张无忌，那就更不用说了。这一家三口，让风无羁口服心服，尤其是三人谈到华山剑法时，风无羁开始还暗笑他们班门弄斧，但很快，他便发现这一家子对华山武功的见解，竟然远在他这个正宗华山弟子之上。
因着张无忌那奇异的经历，一切似乎与他梦里又有不同了，虽然他们早了几年扬帆归来，但在数天之后，他们竟还是碰上了张无忌“梦”中所见到的，那浮海归来后碰上的天鹰教的特大战船。船上，武当、华山等名门正派和天鹰教战成一团，但当张无忌一行人出现时，众人的目光全都集中到了他们身上。四人中，张翠山和风无羁都算是正派中的重要人物，殷素素则是天鹰教教主之女，地位更是崇高，而张无忌的地位就比较尴尬了。
和张无忌的记忆所差不多，因为他们的到来，双方很快罢手止戈，夫妇俩各回各自的阵营，而张无忌则两头逛过，近处观察了一下他的师伯以及舅舅。在记忆中，因为张无忌的童言无忌，泄露了谢逊未死的秘密，最终导致了他父母双双惨死的悲剧下场，而这次，张无忌虽然依旧是个小小孩童，但他的心计却要胜过在场多数人，而且，正因为他是个孩子，对他充满稚气的话语，众人并没有多少怀疑，便相信了“恶贼”谢逊，已然携屠龙刀永沉大海的说法。
回到陆上，在张无忌的暗示下，张翠山夫妇暂时分别，殷素素回到了天鹰教，张无忌先跟父亲回武当。一路上，张翠山与两位同门师兄弟互道别来之事，各自唏嘘不已。在闲聊之余，师兄弟谈文论武，张翠山的武功，让他们大为吃惊。本来，他们以为这些年张翠山离了师傅的教导，又独在荒岛生存，武功能不退步，已属不易，但没想到的是，张翠山武功竟然进境如斯，不但内力路子深不可测，招式之精妙，也远甚于他们今日所学，而且，明显张翠山使的依旧是武当功夫的路子，只是更加博大精深而已。
师兄弟互相讲述了各自的武学心得，都是大有所得，而张无忌知道玄冥二老即将出现，也有意无意地指点几人应对之方，对张无忌的特异，张翠山推说是受了世外高人的教导。
之后遇到乱军，张翠山师兄弟大展神威，而待得玄冥二老到来时，武当三侠得张无忌提醒，并在他的暗助下，力挫乱军之余，对上二老的局面还占尽了上风，最后玄冥二老无奈之下，惊惶退去。
回到武当后，张三丰大为欢喜，武当七侠也设宴庆祝师兄弟、师徒重逢。之后，张无忌暂时在武当住下，他一面为三师伯进行初步的治疗，这样可以在将来得到黑玉断续膏后使他恢复得更好，同时也注重有意无意之间，以道家的心法学说，引导着这位原本性子便自粗粗豪洒脱的三师伯，让他慢慢淡去了对殷素素的仇恨，而将自己伤患之祸，归疚在了西域金刚门的头上。
另一方面，他整日与张三丰交流武功心得，互为教学。
张无忌此时的修为，虽然已经接近小成，但比起“梦”中他大战光明顶、力保武当不失的时候，毕竟还是差了许多，他的一身修为，能瞒得住张翠山，却在张三丰面前显露无遗。
对于这位徒孙的修为，张三丰完全不敢相信，而他的一些独门功法，更是让张三丰有似曾相识之感。
在张翠山禀明了冰火岛上发生的一切之后，几乎是下意识的，张三丰隐隐把张无忌当成了昔日他最尊敬之人、大侠郭靖的转世之体，虽然他早已道心通明，却仍对张无忌不免另眼相看，而对张无忌来说，太师傅也始终是他最尊崇的对象，自然也是尊崇有加。
这两人的武功见识都是当世罕有，而张无忌初时虽然武功略弱，但进境之快，让张三丰也为之咋舌。短短年余功夫，张无忌九阳神功大成，乾坤大挪移也练成了最后一层心法，已经可以与张三丰力斗数百招不败。同时，他对三师伯的首期治疗也已经完成，俞岱岩虽然未曾尽复旧观，但也已经恢复了一定的功力。
在这段时间里，在张无忌的铺垫调和之下，殷素素也已然取得了俞岱岩的谅解，并由俞岱岩与张三丰出面，向张翠山言明昔日一切，化解了这一段梦中人生里最大的惨剧。
为了得到黑玉断续膏，彻底将师伯治好，张无忌向太师傅辞行。武当诸侠对张无忌这么个小孩要独自闯荡江湖很是惊异，也极不放心，但既然张三丰已经点头，他们也不便多说什么，只是细细叮嘱过一番。
这一路行来，风光无限，偶尔遇见“梦”中的“旧识”，张无忌都是顺手帮些忙，或是指点一下武功。而几个日后才显露丑恶本性的恶徒，张无忌也都顺手除去。
几乎是下意识的，张无忌在选择路线之时，仍然特意挑了几个记忆深刻的地点在走，一日正至汉水渡河时，又自遇到了那熟悉中的场景，船上艄公被元兵欺辱，一条威猛大汉为艄公出头，与元兵大战一场，武勇无比，可惜他身上本就有伤，眼见渐渐不支，张无忌出手连毙数人，惊走元兵，救下这几人。此时张无忌才发现，那大汉正是他“梦”中的大哥常遇春，而那艄公的孙女，便是周芷若。
张无忌此时一身医术，早已非比当年，常遇春的内伤，很快就被他治好，但老艄公却是伤势过重，连张无忌都无能为力。接受了老艄公的临终托孤后，张无忌因为自己还要赶路，便将周芷若托付给常遇春，当然，这次，张无忌可不会再将周芷若送到灭绝师太手中，而是叮嘱常遇春一定要将她送到武当。常遇春受了张无忌救命之恩，自然一口答应，誓将周芷若平安送到。
本来三人已经分手，张无忌突然想到一事，赶紧折返，找到常遇春，授他《武穆遗书》的精要。
在西域找寻了数月，张无忌终于找到了金刚门，开口向他们讨药。金刚门自然不会轻易来给，张无忌也不废话，将旧帐一笔清算，夺下所有的黑玉断续膏以及其它一些丹药。反正张无忌本人精研《医经》、《毒经》，对于这些药物的功用，一经审看，便自了然于心。
带着灵药，张无忌兴冲冲地往回赶，在路过终南山时，张无忌忽然想起“梦”中帮过他大忙的黄衫女子，便想去活死人墓看一下她。当然，此时黄衫女子尚还年幼，根本就不认得张无忌。
那黄衫女子名为杨颖，乃是杨过的玄孙女，与几位侍女住在古墓，苦练改良后的玉女心经，以期早日武功有成，得以出师。杨过本人大部分时间都陪着小龙女隐居在绝情谷底，而杨过的儿孙都喜欢游侠江湖，终年难见人影，至于其他几位徒弟和仆人，都在为了抗元大业四处奔波，古墓中并无高手坐镇，偏偏恰好遇上金轮法王的后人前来寻仇，杨颖眼见就要遭到毒手，张无忌及时赶到，救下了杨颖。
两个孩子谈了没多久，年过百旬的杨过匆匆赶到。他听说有人要对古墓不利，星夜赶回，但终究晚了一步，要不是有张无忌相助，后果不堪设想。听玄孙女夸过张无忌的武功后，杨过大感兴趣，提出要与这为张君宝的后人切磋武艺。
两人一番龙争虎斗。张无忌虽然内力大成，但毕竟习练时间尚短，比不上杨过在怒海狂潮中练出的那身内力，更比不上杨过那近百年锤炼的精纯武功，因此，在打斗中，张无忌始终处于下风，但靠着乾坤大挪移和太极心法的妙用，杨过却也一时奈何不了他。
两大高手难得能遇见一个相等级数的对手，都是打得酣畅淋漓。杨过本还担心出手过重，伤了这位武学天才、古墓派的大恩人，但渐渐的，张无忌那独特的卸力功夫，也让杨过放下心来。
斗到兴头，杨过运起全身功力，一掌罩向张无忌三处重穴，张无忌没有硬接，轻轻巧巧地应掌而飞，打算将掌力卸到石壁上。但正在这时，杨颖出于担心张无忌，硬启石门，强闯了进来，眼见张无忌这一掌，便要生生地击打在杨颖身上。
张无忌知晓这一掌集杨过与自己两大高手之威，断非杨颖所能承负得起，情急之下，逆运乾坤大挪移心法，硬生生地收回了掌力，他知道自己承受不了一掌之威，匆忙中将掌力均匀化在周身各处。几乎在瞬间，张无忌周身骨骼寸断，重伤昏迷。
若换了他人，只怕早已毙命，所幸张无忌一身内力精纯无比，危急时自动护住了心脉，而杨过也不惜损耗内力为他续命，总算是暂时吊住了张无忌的一口气。
等张无忌略略清醒，他指点杨过给他疗伤，终于保住了性命，但已成了一个完全的废人。这时候，杨颖想起张无忌事先和她提起的，身上带有黑玉断续膏，当她和杨过一说后，杨过大喜，赶紧将药用在了张无忌身上。
当张无忌醒来后，发现药已被用，又惊又怒，但用毕竟已是用了，张无忌让杨过从他伤处附近刮下一些药膏存着，同时告诉他正确的使用方法。因为张无忌伤得实在太重，在这数年里，他都是在古墓中的寒玉床上度过，杨过心下愧疚，也终日陪在他身旁，谈天说地，将穷百余年之功精研而成的武学心得，倾囊相授，张无忌为怕杨过负疚过深，虽然自知康复极难，却也仍自强做笑意，坦然而受。
某日杨过说起了逆行经脉这一独辟蹊径的心法，张无忌心下有悟，竟尔由此创出了一套独特的疗伤之术，不到数月，竟尔霍然痊愈，更胜从前。
临别之时，杨过不但下令古墓后人悉听张无忌号令，更还给了他一些江湖各门各派的信物，原来这些年来，神雕大侠虽然隐世独居，但一直心系着驱逐蒙元之业，仍有大部时间都在江湖之上活动串连，联络着反蒙的义士，而这些，就是号令各门各派的信物。
因为被杨过浪费了大部分的黑玉断续膏，现在要治疗三师伯，已是不够，是以张无忌动起了研究药方的念头。
杨过先前数年，早已传讯武当说明缘由，是以张无忌也不急于归去，这个时候，张无忌医术毒术早已大成，当世之内，可堪相互探讨启发的，也便只有蝶谷之内的那对夫妇，胡青牛与王难姑。
到了蝶谷，正值金花婆婆与灭绝师太接踵而来，张无忌大败金花婆婆，救下胡青牛，同时也将蛛儿从金花婆婆手中得回，并解去她的毒素，又以杨过的信物，收服了灭绝师太，救下了纪晓芙与杨不悔，之后张无忌将胡青牛带回武当，两人齐心协力，让俞三侠恢复如初。回武当后，张无忌才知道，因着周芷若年齿渐长，生活于都是男人的武当山上多有不便，而恰好灭绝师太上次来武当作客时，又看中了周芷若的聪明伶俐，于是此时的周芷若，已然又如梦里一般，成为了灭绝师太的徒弟。
之后的许多事，依旧是张无忌“梦”中见到的，他之后在光明顶上大显身手，力败各派高手，并被感恩的明教众奉为教主，同时，天鹰教重新并入明教。然后张无忌率杨逍、韦一笑等人先救少林，后援武当，大败赵敏一干人等，并在万安寺内，救下武林各派，包括灭绝师太在内，甚至生擒赵敏。
然而无奈这一世的经历，无法替换梦中那一世，赵敏却不若梦中人生那般，对他依恋不舍，反是连施狡计，险些让明教教众吃了个大亏，张无忌慨叹之余，怅然将赵敏放归，却不料这一举动，反是在赵敏那少女的芳心上，留下了深深的印记。
这时候，武林中传出一个惊天消息，金毛狮王谢逊重出江湖，却是弃屠龙刀不用，一双肉掌，威不可当，江湖上暂无他一合之将。
张无忌急急欲与谢逊会合，却几次失之交臂，当最终遇到时，谢逊已经揭破丐帮假史火龙的傀儡身份，让成昆栽了个跟头，不仅让丐帮众人心存感激，更是凭着一手降龙十八掌，当上了丐帮帮主。几乎与此同时，张三丰宣布不再过问事务，将掌门之位让与张翠山。
华山上，风无羁因为当年在海上漂泊时听到的诸多高深武学见解，实力大增，一举粉碎了鲜于通的阴谋，将他逐下华山，被胡青牛候了个正着。
因为震惊于武当功夫的精妙，风无羁力排众议，将儿子送到武当，最后拜张无忌为师。张三丰觉得孩子之名不吉，征得风无羁同意后，替孩子改名为风清扬。风清扬虽是拜张无忌为师，但张无忌大半时间不在武当，真正教他功夫的，却是张三丰与张翠山，一日，张无忌归山之际，见得风清扬使剑，蓦然有会于心，将杨过所传的独孤剑魔之绝学相授，更对着风清扬讲述了一番独孤剑魔当年纵横天下的故事，听得小风清扬心中，浮想联翩。
中秋之夜，明教教主张无忌燃火祭天，中原武林各大门派，亦放下了门户之见，共襄盛举，自此义军四起，共誓驱逐鞑虏，还我汉家衣冠。
张无忌痛感于前世教权对于军权失去直接控制，致有明教日后之祸，是以携着小昭与殷离，时常出没于抗蒙前线。
是时天下大乱，战祸瘟疫，肆虐人间，张无忌凭借一身神奇的医术，高超的武学，每每活人无数，又几度洞悉先机，接连解几路义军于危难之际，一时大江南北，都以之为万家生佛，家家供奉其神位，尊为“明尊王神”，而军中上下，亦对其钦敬崇拜，每每冲锋杀敌，亦是高呼“明尊圣王”之号，便自奋勇向前，舍生忘死。
张无忌更亲入元廷，刻字于蒙元皇宫匾额之上，迫得元顺帝夜不安枕，每每深夜惊醒，自此的声名，播扬于天下，成为元廷的第一心腹大患，赵敏与周芷若的两颗芳心，更是牢牢地系在了这位少年英雄之上。
朱元璋野心勃勃，看着张无忌声望日隆，却是暗起杀心，一日张无忌巡视朱元璋营地之是时，朱元璋以为逮到机会，趁机发难陷害，却是早已被张无忌识破，借机在从人面前揭破朱元璋的狼子野心，尔后以常遇春代朱元璋。而常遇春果然也没有让大家失望，在精研了《武穆遗书》后，他的用兵简直到了出神入化之境，加上明教众多高手的压阵，以及武林诸弟子的相助，将元军打得节节败退。
蒙元眼见气数已尽，不得不再度起用了赵敏之父汝阳王，然则暗地里却是包藏祸心，将赵敏等汝阳王一干家眷押在大都为质，实际上已然打定了主意，汝阳王得胜归朝之日，便是全家抄斩之时。
汝阳王深得蒙元军心，又善于出奇制胜，在用大军牵制住义军主力后，竟尔放弃京畿不守，提一支精锐骑兵直袭义军总部，发挥出蒙古骑军来去如风的优势，一时间竟然将常遇春等一干义军首领团团围住。
张无忌识破了元廷的心思，只身潜入大都，连施妙计，不但让赵敏等一干人等看清了元廷的面目，更将他们安全地带离了大都。
当赵敏与家人出现在汝阳王面前，痛诉真相之后，汝阳王慨然之余，自绝全忠，临去前将赵敏托付给了张无忌。
汝阳王一去，蒙元铁骑大树飘零，也自树倒猢狲散。
眼见大局已定，张无忌更是请出张三丰与杨过，联袂向灭绝师太提亲，灭绝原本便已经对这位驱逐蒙元的少年英雄改变了看法，在这份天大的情面之下，更是欣然同意了周芷若与张无忌的婚姻之盟。
各路义军与武林各派，张无忌与小昭、赵敏、周芷若、杨颖、殷离诸女，都自齐集在大都之下。
一切，都只待着那最后的一战。