就在朝廷积极的整合市舶司的时候，福建巡抚熊文灿和福建水师副都督郑芝龙联名上疏朝廷，说现在占据台湾南部的荷兰人与占据台湾的北部的西班牙人为了台湾控制权开战了，朝廷应该趁此机会驱除荷兰人与西班人，收回台湾岛
朝廷在接到熊文灿和郑芝龙的联名奏疏后，召开紧急会议，讨论是否立刻出兵的事宜。因为当时朝廷也没有开台湾，所以在世人眼里台湾那里是不毛之地。不过由于前次皇帝陛下已经表示过，要驱除外国人，收回台湾，所以大家也就遵从皇帝的意思，同意了熊文灿和郑芝龙的请求。
而此刻的福建厦门、泉州等地，早就集结了大批的军甲物资，郑芝龙、傅有成等水师将领早就整装待，只等朝廷的指令。
崇祯三年九月末，朝廷开战的旨意终于由行人司传达到福建。福建巡抚熊文灿在接到朝廷的命令之后，立即传谕郑芝龙、傅有成等水师将领，即刻出兵，收复台湾。
郑芝龙、傅有成在接到朝廷的命令之后，从锚地扬帆远航，直奔台湾岛而去。虽然说台湾此刻被荷兰人与西班牙人占领，但是他们并没有控制住台湾岛，荷兰人只是在台湾南部修建了兰遮城（台湾城），普罗文查城堡（赤嵌楼）。
荷兰人想要垄断对中国的贸易，所以荷兰人在占据台湾以后，以台湾为基地，派出战船，在南中国海四处游荡，抢掠商船。而荷兰人的这种做法大大的侵害了西班牙政府的利益。
于是西班牙人从吕宋北上，占据了台湾北部，并在基隆和淡水修建了城堡设防。荷兰人与西班牙人为了要垄断对中国的贸易，开始在台湾大打出手。而荷兰与西班牙的这种行为又大大的侵害了中国的利益。
因为荷兰与西班牙在中国海的这种战争行为，使得水道不仅不畅，而且还很危险。面对着这种情况，江南的一些富户大族是无可奈何他们得知朝廷大军要出兵台湾是，他们可是欢欣鼓舞，于是他们纷纷向朝廷的大军提供荷兰人与西班牙人在台湾的详细情况，他们甚至还将兰遮城，普罗文查城堡的布防图献给了朝廷大军。
因为朝廷的大军得到了这么多详细的资料，所以郑芝龙、傅有成对这次收复台湾的战斗充满了信心。郑芝龙、傅有成率领近三百艘战船与一万两千人组成的远征军在澎湖稍作休整后，继续向台湾进，并于十月初在台湾鹿耳门登6。
明军在台湾登6之后，并没有急于动攻击。大军在稍作休整之后，才防守相对普罗文查城堡进，由于荷兰人此刻正在和西班牙人作战，所以普罗文查城堡防守相当薄弱，当明军出现在普罗文查城堡周围是，很烂人才现明军已经在台湾登6了。
普罗文查城堡立刻向兰遮城求援，并紧闭普罗文查城堡大门，准备凭城据守。可是因为明军掌握着普罗文查城堡的详细资料以及城堡里的大部分荷兰人都去前线与西班牙人作战的缘故，所以明军与荷兰人激战四个时辰后，就收复普罗文查城堡，也就是赤嵌楼。
在兰遮城的荷兰人在听说明军登6台湾以及普罗文查城被保卫的消息后，十分的恼怒。哈劳节对宋克说：这些该死的中国人，竟然在这个时候出兵，真是太可恶了。阁下，请允许我率领两百名士兵前去普罗文查城堡，我要好好教训一下中国人。
面对哈劳节的请战要求，宋克显得十分的犹豫。宋克在与明军交过手，当时宋克率领数千荷兰军人，趁着明军换防的空档，抢占了澎湖。对于荷兰的挑衅，朝廷在八月任命主战派官员南居易为福建巡抚，次年正月，命令两千明军登6澎湖列岛，与荷兰人展开激战。
最终，南居易先后调集两百艘战船，近万明军，强攻澎湖，迫使荷兰人灰溜溜的“扬帆而去”所以宋克比较了解明军的战斗力。眼下布雷佐恩正率领这六百名荷兰军人在与西班牙人作战，兰遮城守备空虚。宋克担心明军会趁虚而进攻兰遮城。
而哈劳节对宋克的担心嗤之以鼻，哈劳节认为这些所谓的明军只是一群乌合之众，伟大的荷兰军人一出现，对这他们几枪，这些明军就会望风而逃。
宋克十分鄙视哈劳节，哈劳节在宋克的眼里只是一个胡吃海喝的，没有什么才能的糊涂蛋。为了稳妥起见，宋克赶紧派出信使，将布雷佐恩和他的六百名士兵召回。同时，宋克又赶忙的向巴达维亚请求支援。
随后又传来普罗文查城堡被明军攻克的消息，这让宋克又急又怒。普罗文查城堡失守了，眼下荷兰就只剩下兰遮城了，而兰遮城里只有不到四百名士兵，怎么来顶得住明军的进攻，宋克愁的在办公室里走来走去。
明军在攻克普罗文查城堡后，休整一晚后，就立即向兰遮城进。当宋克还在办公室里不知如何是好的时候，外面的军士进来报告说，明军已经把兰遮城给包围了。宋克得知这个消息后，立即跑到城楼上去观察。
只见城下的明军在有条不紊的建立营寨，挖掘壕沟，树立栅栏，一副要长久围困的样子。宋克看到明军人数不少，有装备了许多的火炮。宋克知道，这仗不好打了，现在只能寄希望与布雷佐恩能尽快回援，还有巴达维亚能尽快的派援兵过来了。
而站在宋克身边的哈劳节对明军十分不以为然。哈劳节对宋克说：阁下，明军在很短的时间了攻克了普罗文查城堡，那不过是普罗文查城堡的指挥官太过无能。不过不得不说，明军的装备确实出乎意料，不过我相信，明军没有一年半载休想攻克兰遮城。
宋克忧虑的说道：但愿上帝保佑我们吧。
哈劳节听到宋克的话后，哈哈的大笑，说道：阁下，上帝总是站在我们一边的。我们会最终大败明军的。
正在前线与西班牙作战的布雷佐恩就要击溃敌人，眼看就要攻占基隆了，可是一封兰遮城告急的文书，使得他不得不放弃基隆，马上回兵兰遮城。可是当布雷佐恩走到半途时，就遭到了明军的突然袭击。
明军在布雷佐恩必经的道路上预先设伏，当布雷佐恩进入明军的伏击圈后，显示进入明军预先设好的地雷阵，然后明军用大炮在行轰击。布雷佐恩的六百名士兵被突如其来的变故弄轰蒙了，一时间不是所措。不过荷兰人毕竟是一支贯战之师，在布雷佐恩的组织下很快结阵与明军对抗。
不过明军显然是蓄谋已久，准备充足；而荷兰人则是仓促应战，催不及防。很快，布雷佐恩被明军击毙，布雷佐恩战死，再加上荷兰军队的一些其他将领相继被明军击毙，最后残存的荷兰人决定向明军投降。
明军在击败布雷佐恩，留下一部分军队监视西班牙人，留一部分赶回兰遮城，准备协助主力部队攻击兰遮城。而此刻在兰遮城中，宋克还眼巴巴的等待着布雷佐恩和巴达维亚的援军呢。
布雷佐恩被明军消灭了，巴达维亚在接到台湾的告急文书后，立即派遣九艘战船，六百名士兵组成的远征军向台湾驶来，不过从巴达维亚启程的援军还没看到台湾岛，就被郑芝龙、傅有成所率领的数百艘明军水师战船团团包围。
其实明军水师实力也不必荷兰人差，明水师主力战船大体分成六种型号，其中一号福船吃水六仗、柁楼三重、底尖上阔、尾高昂，配备红夷大炮、千金佛朗机炮、碗口铳、迅雷炮等前进火器。而其威力，史载“是惟不中，中则无船不粉”
郑芝龙、傅有成指挥明军水师与荷兰海军鏖战数个时辰，结果击沉荷兰海军五艘，数百名荷兰士兵溺水身亡，而明水师被击伤数艘战船，俘获了包括旗舰“热兰遮”号在内的四艘荷兰军舰，此次海战，明朝水师大获全胜。