看到郭巩落到如此下场，朝野上下顿时一片兔死狐悲之声。可朱由校却不为所动，又连下几道谕旨，让兵部和都察院抽调人手，准备分派到各地清点卫所兵丁。
此旨一出，朝廷上便一片寂然。此后，和地方军将有牵连的官员纷纷写信，告诫军将小心从事。而兵部和都察院却磨叽了数天，才提出了一份出京调查的人员名单。
名单到了御前，朱由校却一反常态，不紧不慢的搁置了数日，才下旨给内阁，让内阁拟定出京日期。内阁会意，也是不紧不慢的拖延着，最后定了个九月出京的日子上奏……
这下大家都明白了，皇上只是想敲打一下那些军将，并没有赶尽杀绝之意。但圣心难测，这么大的阵仗，肯定是看几个脑袋的，也不能不防。于是，便纷纷写信，告诉京外的军将亲友，让他们小心行事，莫要被皇上找了典型，误了性命。
与这些冠冕文章相比的，是皇上阅兵当日，便选派精干内侍，会同内阁中书舍人，带着圣旨快马赶赴辽东，清点辽东新军，务必要打辽东练兵大使朱童蒙一个措手不及……
但侥幸的是，朱童蒙不愧是干员，不但兵练得好，将基础的队列、军纪一一训练完毕，还加练了体能，每天早晨，朱童蒙带着兵卒亲自跑操已成辽阳街头一景……
接到辽东熊廷弼、杨涟、袁应泰、骆养性等人联名的奏章后，朱由校和朝廷上下都同时松了口气，两个练兵点尚有一个是在实心练兵，总算给皇上、给新军留了点面子。
朱由校慎重考虑后，索性把直隶的三千新兵调到了辽东，和辽东新兵合在一起，以军校批毕业生为基层骨干，组建大明新军第一师，暂交辽东经略府统帅，又授命朱童蒙，继续训练新兵。
大明新军第一师并不满员，目前只有六千兵力，还不足一个旅。在这只新的军队里，朱由校开创性的设置了一系列制度。在各级主官下，分设参谋部、政治部、后勤部，以参谋长、政治部主事、后勤部主事分掌军队的训练、作战、忠诚、后勤等事务。
新军以营为基础作战单位，营下辖四哨二什，合计作战兵力为四百二十人。主官为营长，另设参谋长、文书、后勤主事为佐官，又分派后备新兵八十人为日常勤务。并规定，每年老兵退役人数为八十人，新兵补充也是八十人。新兵入伍先做一年杂役，然后服役六年，战时另行规定。
营以下，设哨、什两级，分别设哨官和十夫长。哨辖十个十人队，哨官兼任第一什十夫长。另有政治部下派的文书，不算在内，也不参加战斗，只做战后记功。
营以上，团辖四营一哨，总兵力二千一百人；旅辖四团一营，总兵力八千九百人；师辖四旅一团，总兵力三万七千七百人，作战兵力三万一千多人。
在新的军制下，参谋部、政治部、后勤部虽然是主将佐官，但都是由兵部选派，部队主官并无任免撤免权利，而一旦起了纠葛，必将分别调开，有效的制约了主将权力。
同时，参谋部、政治部、后勤部分级设置，自成体系。其中，政治部选派的文书，更是下设到队级，以教士兵读书识字、记录军功，帮忙写信等措施，称为基层除主官外的另一兵头。
为了有效地区分官兵阶级，新军中采用了军衔制。师长定为少将军衔，师参谋长、师政治部主事、师后勤部主事与旅长同级，定为上校军衔；以此类推，十夫长定为少尉军衔，军校刚刚毕业分配的学生定为准尉军衔。但遗憾的是，新军军衔并没有考虑到优秀士兵、老兵的晋升问题。
此外，朱由校还规定，新军军饷由士兵凭身份牌支取，由隔一级的上级后勤部门在宪兵的监督下放。而宪兵，则是由皇帝直属的一支纪律军队。
新军第一师成军后，便在辽东经略府的直接指挥下分批出击，以不间断的小规模战斗，淬炼自己的刀芒，迅成为辽东战场上最亮眼的军队，成为了大明皇帝的一只王牌师……
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大明皇宫弘德殿内
在朱由校的寝宫内，皇后张嫣正脸色苍白的躺在床上，无力的将一只欺雪胜霜的玉臂伸出纱帐外，任凭一个白胡子御医把脉。不远处，她的丈夫、大明天子朱由校正在一旁焦急的等待。
“李太医，皇后这是怎么啦？”见御医起身，朱由校便急切的问道。他刚刚听到皇后突然呕吐的消息，便火急火燎的赶了过来，尚不清楚缘由。
“恭喜皇上，大喜啊。”李太医猛一回头，却现皇上正站在身后，连忙跪倒叩头，口中却贺喜道。
“大喜？”朱由校脑子里灵光一闪，却不敢肯定，他试探着问道：“你是说皇后有喜了？”声音细微，还带着几丝不确定。
“正是，”李太医就跪在皇上脚底下，听了个清清楚楚，连忙恭贺道：“皇上大喜啊，皇后有喜了……”
“噢~~”朱由校怪叫一声，一把推开老御医便冲到床前，在众人目瞪口呆中，兴奋的大声问道：“你怀孕了？……”
“皇上，”张嫣羞得满脸通红，娇嗔的朱由校一眼，便把头埋到了被子里，再也不肯回头。
朱由校这才醒悟过来，忙回过头，对着正在偷笑的内侍宫人们大声喊道：“出去，都给朕出去。去告诉曹化淳，今天当值的统统有赏……”
宫人内侍们带了御医，一路偷笑着退了出去。刚一出门，便又听见皇帝在皇后面前的讨好声……
张嫣和皇帝耍了一会儿花腔，才扭过身子，倚在朱由校怀里，静静地看着他不言不语，可浑身上下却散出淡淡的喜悦。
朱由校一只手环着妻子，另一只手却悄悄的在张艳鼻子上点了一下。满怀喜悦的说道：“……朕真的没想到，你竟然这么快就怀孕了……”
张嫣敏感的听出了皇上喜悦中的一丝不安，忙抓住皇帝的手问道：“臣妾怀孕了，皇上是不是有点不高兴？”
“傻瓜，”朱由校环着张嫣的手紧了紧，宠溺的笑道：“怎么会不高兴呢。朕只是觉得有点突然罢了。”
突然得知怀孕，张嫣变得分外敏感，只觉得皇上话中有话，便不依道：“为什么觉得突然？难道臣妾给陛下生儿育女，皇上不高兴吗？”
见张嫣无理取闹，朱由校只觉得啼笑皆非，是不是刚怀孕的女人都这样啊？连一向温柔的张嫣也这个样子？……
心中嘀咕着，朱由校却生怕张嫣多想，连忙劝解道：“你才十五岁……啊，朕是怕你太小了……不，朕的意思是过两年再说……朕不是想一直把你留在弘德殿嘛。”
这番话说的语无伦次，急的朱由校头上都出汗了，却还觉得自己没有解释清楚。张嫣却从中听出了皇上的关心，便一手堵住朱由校的嘴，甜甜的笑了。“臣妾知道，皇上是怕臣妾太小了，太早生育对身子不好……”
“对，对，朕就是这个意思。”朱由校连忙点头。
“可是，”张嫣却又接着说道：“陛下是皇帝，长期膝下空虚是会让人起异心的……”张嫣故意的一闭眼睛，呓语道：“莫非，皇上想和别的妃子生。”
“你说的是哪里话？”朱由校‘呼’的一声，便站了起来。他来自信息爆炸的年代，熟知深宫女子为了夺嫡可以不惜手段。作为一个深切盼望亲情的孤儿（好像这一世也是没爹没娘的啊），朱由校一直担心自己的孩子会反目成仇。刚一穿越，尚立足未稳之时，便放逐了客氏。又不顾大臣极力反对，单宠皇后一人，就是想让张嫣生下嫡长子，不致于群子争嫡。如今，却被张嫣无端指责，顿时便恼了起来……
张嫣被朱由校一把儿推在床上，头便重重地磕在床头上，她噙着眼泪，嗔道：“皇上……”想让皇帝能去劝慰她一番。
朱由校却没注意到张嫣的意图，他指着张嫣狠狠地骂道：“……朕一心为你，何时宠幸过宫人，你怎么能够如此猜忌朕，难道你的心不是肉长的吗？”
张嫣一下子便被骂懵了，眼泪唰的就掉了下来，扭头抱着枕头，便哽咽起来。
朱由校见状，却又于心不忍，连忙上前伏小认错，劝得张嫣止住哭泣后，才小心翼翼的把自己的苦衷告诉张嫣。
张嫣听得皇上一心为己，竟然有意让自己生下嫡长子后，再去宠幸其他宫女，更是感功不已，扭头抱着朱由校便大哭起来，吓得朱由校又是一阵劝慰……
过了良久，帝后两人才并肩坐了，小声的谈论起孩子来。可谈论着谈论着，张嫣却眉头一皱，笑道：“皇上，你知道吗？赵选侍也怀孕了。”
“怀孕了？！那就生啊。”朱由校随口应道。
张嫣笑了笑，却有点勉强。朱由校一颗心都在张嫣身上，顿时便现了张嫣神情不对。再一回想，脸色顿时大变，“你说谁？赵选侍怀孕了？是她吗？”
见皇上好似见了鬼一样，张嫣却不觉得开心，只是低着头，小声说道：“昨天，姹紫来报，说赵选侍已经有四个多月身孕了。显怀了，她才现，就来向臣妾禀报。”
“姹紫？”朱由校眼前顿时浮现了一个泼辣的女子，却来不及多想，而是伸手把张嫣拥入怀里，低声道：“对不起……”
张嫣敏感的感觉到皇上的愧疚，便强自装笑道：“陛下说什么话？能有人帮陛下开枝散叶，臣妾应该高兴才对。”
朱由校紧紧地抱住张嫣，想要说话，却觉得无地自容，只得化作一声长叹……
当夜，帝后两人都在反复辗转中度过。
到了早晨，朱由校终于忍不住了，才抱住张瑶低声道：“朕当初并没有想过她会怀孕，还以为曹化淳会帮着处理干净的。宝珠，你要相信朕。”
张嫣身子僵了一下，却沉声道：“陛下说这些做什么？难道怀疑臣妾是善妒忌的人吗？”
“不，不是。”朱由校有些惊恐，连忙否认道：“朕只是怕你不高兴。”
张嫣心中只觉得一阵甜蜜，对皇上自己折磨自己也有点不忍心，便笑道：“臣妾如果不高兴，就不会让皇上知道这件事了。”见皇上还是不解，便用手抚摸了一下肚子，笑道：“臣妾也有了身孕，难道还怕他一个庶长子、庶长女不成，皇上真的是多心了。”说着，便向前微微探身，伏在皇上耳边呓道：“不过，臣妾很高兴。”语落，吻至。
朱由校这才确认了张嫣的心思，不由的暗笑一声，‘古代真好’。可心中却有点放心不下那个尚在娘胎的孩子，便嘱托张嫣，“……那个孩子，还不知道是男是女，”话到一半，却觉得自己很残忍，便不忍心说下去。
“陛下放心，”张嫣会意的笑了笑，“那毕竟是龙子，臣妾会看好他的……”
朱由校深深地注视了张嫣一会儿，才点点头，起身离去，单留张嫣一人在寝宫独坐。
过了良久，张嫣才喊过身边的贴身女官，吩咐道：“……带上几个人，帮赵选侍搬到宫里来住。一切用度都按照哀家的例子来。”
“娘娘，”女官大惊，连忙劝解道：“娘娘，你这也太抬举她了。她只是一个下贱的宫女，怎么能和娘娘想比……”
“可她怀的可是龙子。”张嫣很满意女官的反应，便用手拍拍女官的手背，笑道：“去吧。”
“小姐，”女官是张嫣自张家带入宫的，一时情急，便换了旧时称呼，急道：“小姐，她怀孕的时间可比你早二个月啊？！”
“那又如何？”张嫣淡淡一笑，“单是一个嫡庶他就越不过。”随手示意女官离开，“去吧，好好照顾她。告诉她，离姹紫嫣红远点，不要伤了胎，误了哀家美意……”
那女官无奈，只好一步一回头的离去。但剩下张嫣一人，她用手抚摸着腹部，呓道：“孩子，我为你可是什么都能做……”