第二天一早，朱由校刚刚起身，便召了王安和方从哲入宫议事，并把抚顺关战果亲口告诉两人。
听得战果如此辉煌，王安、方从哲也吃惊不小，连忙向皇上贺喜。
特别是方从哲，前番杨镐在萨尔浒损兵折将、一败涂地，此后更是连战连败，连累的方从哲被朝野上下同声讨伐，要求他辞职谢罪，弄得是灰头土面。
至于前些时候，顾造、冯三元等人交章弹劾熊廷弼畏敌不前、虚耗国帑，本是被皇上驳回，与方从哲素不相干。却被那些别有用心者按在了方从哲身上，在民间肆意攻击方从哲包含祸心，是个奸臣。更有几个自负清流者，写了帖子在京城中四下发放，宣称方从哲要送辽东给建虏，是个国贼，声称要诛杀此獠，害的方从哲好久不敢独自出门……
如今，见了辽东捷报，方首辅一时悲喜交集，竟然泪流满面，泣不成声。急的王安连忙上前劝慰……
起初，王安自谓是正人君子，平日只和素有清流之名的东林党人交好。见皇上一力扶持方从哲，保着方从哲首辅之位不说，还对方从哲信任有加、言听计从，总是不以为然，并多次在背后出言相劝。但拗不过皇上，又不忍心违背皇上之意，只是和方从哲虚以为蛇、敷衍了事。
后来，帮着朱由校处理政务，见识得多了，明白了方从哲的艰难处境，更是把方从哲一心忠于皇帝的做法看在眼里，这才和方从哲真心相交。也想着拉了方从哲一起，真心帮助皇上，让朱由校成为有道明君。如今，见方从哲君前失态，王安心中也有些恻然，便代方从哲向皇上解释道：“陛下，方大人这也是高兴地……”
朱由校会意的点点头，却觉得鼻子一酸，也想痛哭一场。方从哲经受的不过是朝野上下的责难，对于辽东的胜利却不曾失去信心。朱由校却不同……
朱由校心里，对满清的军队战斗力并没有看到眼里，但对满洲人的好运气却是一直心生忌惮。如今，见如此小的一次战斗中，就能让大名鼎鼎的皇太极被擒，朱由校才真正的放下心中的包袱，可以真正的面对建虏，面对自己。
哭了一阵，方从哲终于收住眼泪，擦擦脸，哽咽着向皇上请罪。
“方爱卿不必担心，朕也知道，这些日子你受委屈了。”朱由校说道。
这番话说的方从哲鼻子一酸，好悬儿没再哭了起来。连忙向皇上行礼，谢过皇上知遇之恩……
如是再三，朱由校也有些烦了，便直截了当的说道：“朕召两位前来，是想听听两位的见解。看看这辽东局势下一步如何处置。却不知方爱卿有何高见？”
如今，能帮着朱由校出主意的，只有王安和方从哲两人，至于其他的魏朝等人，还只是个跑腿的苦力。而王安、方从哲两人中，也是分工明确。
王安虽一直呆在宫中，比较熟悉政务和各种礼仪，可毕竟眼光有限，只能指点一下朱由校如何和大臣相处。而方从哲虽然生性懦弱，总想做个好好先生。却是多年相国，看待问题还是比较准确的。所以，方从哲变成了朱由校的首席智囊，以及和文臣的润滑剂。
“启奏陛下，”方从哲稍一沉思，臣开口讲道：“抚顺关一战，虽然斩杀了舒尔哈齐，擒获了莽古尔泰和皇太极。建虏实力却并没有损失多少。只不过能振奋下士气，缓和下民心而已。还请皇上不要操之过急、期望过高。”
朱由校点点头，表示明白。皇太极虽然后来名气甚大，成为了满清的第一个皇帝，此时却名声不显，只是老奴的一个比较出名的儿子而已，甚至还比不上莽古尔泰。要知道，莽古尔泰的勇猛可是辽东公认的。（历史上，皇太极也是在夺取辽沈的大战后，才开始了冲锋陷阵的猛将到政治家转变的。至于皇太极的军事才能，石头可是不认可的，总觉得是明朝人太笨蛋造成的。）
朱由校稍微想了下，便道：“此次辽东获胜，必会有人提出，要全力进攻建虏。方爱卿如何看呢？”
“陛下万万不可，”方从哲惊道，“臣刚才所说，请皇上莫要操之过急，也是因此。”接着，方从哲又解释道：“辽东苦寒之地，粮草军械均缺，现有筹备，怕是不能支持大军进攻，此为一不可也；辽东军备松弛，兵不耐战，此为而不可也；建虏士气仍胜，此为三不可也。有此三不可在前，如果强迫熊廷弼出兵，怕是得不偿失啊。”
朱由校在心中悄悄地撇了撇嘴，暗道：“你就明说，进攻就要野战，野战就打不过对方不就行了。还凑出个三不可来。”对方从哲的说话方式虽有不满，但也知道这是一种说话的套路，古往今来都是如此……
其实，朱由校对辽东局势早有一番推算，想借着辽东磨练出一只强兵。毕竟，邓老爷子借越南练兵，搞什么老山轮战，可是很有成效的。
如今，听了方从哲如此讲话，便接过话头，道：“即然如此，便让那老奴再多活两年，等朕练好兵马，再约他在萨尔浒决战。”
“陛下圣明。”见皇上如此上路，方从哲终于放下心来，和王安一起起身恭贺道。
“不过，”朱由校却话头一转，说道：“辽东的军备可要整整了，总这样下去可不行。”
“陛下所言甚是，”王安点头道：“陛下不是要整编新军吗？正好从辽东开始。”
“大伴所言甚是，”朱由校点头道，却又突然想起军校的筹备工作，问道：“朕让军校在四月初一开班，这学生都招了多少了？为何一直没有人向朕禀报？”
“名单早就定下了，有二百人呢。”王安连忙回道：“奏章也早就报过来了，也许是陛下没有留意到。”
朱由校连忙喊过来随侍的太监曹化淳，问道：“……英国公上的奏章呢？”
曹化淳连忙从案几上翻出英国公和刘朝的联名奏章呈上，朱由校脸一红，知道自己把这封奏章漏了，只好掩饰道：“今后，有关军校的奏章，一定要亲手交给朕。”
“奴才遵旨。”曹化淳应诺退下。
“这批招收的学员，都是京营里的一些小校，还有二十几个军将子弟。英国公说，人多了怕不好管，就先收这二百人，让其他的都留到下一批呢。”王安见状，知道陛下尴尬，连忙转移话题。
“报名的很多吗？”朱由校惊奇的问道。
“天子门生，又有几个不想做呢。”方从哲在一旁吃味道。“这求推荐、找说客的都挤到臣的门前了。”
“是吗？”朱由校笑道，“只要能通过考试，爱卿尽管推荐，也不必作难。”
“是啊，”王安笑道：“考试那天，数百人围着操场跑步，壮观极了。好多被淘汰下来的，都说了要练练再来呢。”
朱由校抬起头，稍稍想象了一下，也乐了。却对自己拟定的考试大纲辩解道：“国朝本身马匹就不足，士卒们都是靠两条腿赶路。没道理这些军将们跑不过士卒啊。否则，日后遭了败仗，士兵们跑完了，军官却被人家抓了，岂不可笑。”
“陛下，”方从哲不高兴了，劝谏道：“陛下请慎言。军队操练体能，训练跑步是好的，却不能说是方便逃跑。如果传讲出去，岂不让人耻笑。”
闹得朱由校一阵没脸，却想起面前的不是自己的同学玩伴，而是大明的士大夫。只得站起身来，整整衣冠，躬身道：“先生所言极是，刚才是朕孟浪了。”
见皇上如此明白事理，方从哲也心感欣慰，却并不躲让，只是微微侧身，受了皇上半礼，以警惕皇帝……
见方从哲如此刚正自持，朱由校也不敢再开什么玩笑，只是吩咐了道：“四月初一军校开学之时，朕务必要亲临现场，接见将士。还请方爱卿和大伴事先做好准备。”
“陛下，”方从哲劝谏道：“陛下如放心不下，可派亲信之人前去巡视，又何必要亲自去呢？”方从哲的脸上，满脸不赞同，不愿意。
这次，朱由校却不愿让步，坚持到：“英国公和刘朝都是朕信得过的人，朕还能派谁呢？朕只不过是想让那些学生明白，他们吃的是朕的军饷，做的是朕的军官而已。爱卿不必再劝了。”
见方从哲还想再劝，王安也是满脸的不赞同。朱由校便说道：“大伴和方爱卿都记一下，从今以后，凡担任过军校校长者，均不可带兵。此条不必明发，只作为司礼监掌印和内阁首辅代代相传的铁律。如朕仓促驾崩，则又你们告诉后世之君。”
“这~~”王安和方从哲都愣住了，稍一沉吟，便先后明白过来，对于皇上亲去主持军校开学之事，就不在阻拦。
见摆平了两人，朱由校就再次转移话题，说道：“既然决定了整顿辽东军备，辽东经略府就要眷健全。熊廷弼不是出言反对吗？方爱卿就写信告诉他，这是朕保全他之意，让他不要得学胡宗宪。”
方从哲心中一凛，连忙沉声道：“臣一定写信与他，帮熊廷弼分清利弊。”
“你就告诉他，朕对他还是信得过的，组建经略府一是帮他分谤，二是帮他分劳，三是跟他学习军务。他如果有信得过的得力之人，也可向朕保奏，”朱由校语气轻淡，却透漏出点点决心，“朕不是不通情理之人，自会封赏官职，委任到经略府办事。”
“陛下放心，臣一定帮熊廷弼讲解分明，让他主动请旨。”
“总之，朕不会再允许统兵大将私设幕府。”朱由校语气低沉下来，声音却清晰地传到方从哲耳边，让这个秉政多年的老相国心中不由得一颤……