于巡抚是过去朝廷临时选派的官员，以至于一些比较重城也都派出了巡抚的官职，由于重新划分了身份，这些人的去留就成了问题，跟内阁紧急磋商了一下，年纪大的超过六十五岁朝廷硬性规定不再担任任何职务，病重不能处理分内的事务的，勒令其退休，朱影龙第一次将“退休”这个名词搬出了历史舞台，朝廷每年都给予发放退休金，虽然这一项开支下来增加了国库的负担，但他的好处就是明显的调动了官员积极性，从原来的一次性的告老银子变成了年年都给，岂不是让这些官员老了以后离开官场后生活有依靠吗，特别是清廉的官员，虽然这些官员在大明的官场是凤毛麟角，但这项政策确实解决了他的后顾之忧，除了在心里面大呼皇上圣明之外，就是为朝廷踏踏实实的工作了。
这样一来，去掉官场之中一些老迈昏聩的官员，使得官员年轻化、朝气化更加富有活力和创新力，还有新科的进士，除了几个比较适合做学问的，朱影龙打算经过一些如何为地方父母官的培训之后全部外放，这些培训涉及很广，配合朝廷这第一部一系列新政策的实施，他们需要在京太学中度过他们一生都难忘的三个月，给他们授课的不仅有六部尚书还有许多专业的人才，虽然这些人饱读诗书，但就如何做好官还是比较陌生的，经过短暂的学习之后，了解各人所长之后，吏部就会委派他们与之相应的官职，朱影龙更是不断的在朝会上强调，要才德兼备最好。在适当的情况下，可以放宽德地标准，毕竟这个世界上才德兼备的人实在是太少了。在这以后，太学逐渐成为国家培训官员的机构。
随着刘鸿训带着和约顺利返京，朱影龙当众褒奖了一干官员，并且趁这个时机，下诏设立理藩院，负责国家在外交以及属国上的事宜，通商、纠纷谈判都将由理藩院来完成，以刘鸿训为尚书。刘宗周为侍郎，跟谁刘宗周出使蒙古和参加谈判的一些官员全部划归到理藩院，同时为了增进双方的互信，朱影龙特旨理藩院着手准备向各藩属国派出常驻公使，建立公使馆，享有一些特权，不属于藩属国的暂且不考虑，这也是一个不能急办的事情，否则便让个藩属国以为大明这个天朝上国意图干涉他们的内政，由于这个是双方面的。所以相信问题不大，但需要一定地时间。
做什么事情都需要钱，在市舶提举司的基础上设海关司，负责通海贸易。由于海上海盗猖獗，还有要收复江南半壁江山都需要一支精锐的水师，所以朱影龙在财政吃紧的情况下不得不下诏组建一支水师，正式为大明帝国海军。并且在山东蓬莱、青岛两地修建大型船坞和造船厂，以荷兰人的战船模型打造军舰以及各种民用海上运输船只。
一去永无音讯的湖广总督王在晋终于有了消息，他居然是从广西、广州辗转到达福建。然后在叶向高的帮助下。乘坐郑芝龙为朝廷在福建购买的粮食的海船上到达天津。马不停蹄的返京复命。
王在晋回京后，朱影龙在养心殿召见了他。一去大半年，不管这王在晋在云南取得地成果如何，就是凭他对朝廷的这份忠心，走的时候，他还特地为这位被后世史学家批评不懂军事，瞎指挥的辽东经略兵部尚书饯行，那个时候他额头上很几乎看不到太深地皱纹，头发也只是稍许白了双鬓，而现在他看到的是一个满脸皱纹，被晒的黝黑小老头，寿的眼窝都塌下去了，几乎都不敢认了，脱去官帽，一头花白地头发印入朱影龙的眼帘，还好的是，人倒是精神了许多，双目炯炯有神，他不禁鼻子一酸，有些感动，道：“王爱卿，是朕让你受苦了！”
“谢皇上眷顾，老臣职责所在，理应如此。”王在晋俯首应声道。
“来人，那两把椅子来，朕要与王爱卿面对面地坐着谈！”朱影龙朝殿外喝道。
“不，不，皇上，这使不得，使不得呀！”王在晋慌忙跪下道。
“老爱卿不必如此，快平身，朕可是等着你这一路地故事呢，你地奏折朕看了，就是不够仔细，朕想听你仔仔细细的将这一路地经过与朕说一说。”朱影龙忙弯腰下去将人扶了起来道。
“谢皇上隆恩。”王在晋感激涕零的坐在朱影龙对面，开始滔滔不绝的将自己一路艰辛，又是怎么样和朝廷失去联系，怎样到达云南，又是怎样见到国公沐启元，如何说服沐启元保持中立，又是怎么辗转经过广西、广州到达福建，如何得知福建已经被朝廷控制，又是怎样在福建总督叶向高老大人的帮助下乘坐郑芝龙的海船回到天津的一路经过说了出来。
原来他们一行数十人从四川经贵州入颠，中途遭到魏忠贤派去的东厂和锦衣卫的伏击，身受重伤，逃出仅仅五个人，在一苗家寨养伤两月有余，在这期间五人当中又有一人伤重死亡，当地大夫极少，医术不怎么高名，四人化妆成苗人辗转来到大理，所幸的是身
和一些重要的文书没有丢掉，这才见到了有王之称启元，又遇到魏忠贤派去云南的使者，由于他们实力太弱，不得不身入虎穴，抱着不成功便成仁的心里，住进了国公沐启元的山庄，使得魏忠贤派去的人难以加害他们，同时也把自己的生死交给了沐启元，万一沐启元倒向魏忠贤，那他们几个的人头就成了沐启元归顺魏忠贤的厚礼，幸运的是，沐启元虽然有些糊涂，但他有一个不糊涂的儿子沐天波，虽然朝廷的条件实在是丰厚，但还是在沐天波的劝说下，沐启元没有接受王的封号，并且在没有弄清楚真实情况之前，云南愿意两个朝廷之间保持中立。也算的上取得了一个不小地成果，但这个中立的姿态现在对朱影龙影响不大了，原先想以沐启元在后面牵制魏忠贤，现在福建在手中，除非沐启元混蛋到与魏忠贤联手，否则，江南半壁江山魏忠贤势力能达到的就那几个，还有四川这个天府之国在手，北方粮荒得到大大的缓解，可以说朱影龙的北京政权已经稳固下来了。
朱影龙下旨重赏了王在晋等人。并且让王在晋以太傅的职位致仕，在京赐给一座宅院，留北京大学任教，从位列三公之一太傅职位上致仕，这是多么大的恩典，王在晋喜极而泣，谢恩而去。
王在晋同时给朱影龙带来了叶向高等福建官员的部分奏折，其中居然还有一份郑芝龙托他转给他的亲笔信，信中说他愿意接受北京朝廷的招安，其原因朱影龙从叶向高给他地奏折中倒是看出一点端倪、
荷兰人侵占台湾以后四年。从今年年初，荷兰殖民主义者派出大批经过训练的传教士，到台湾各地去传教。命传教士在各地创办小学，讲授荷兰文和基督教的新旧约全书（即圣经）。不肯入学的儿童。或用发给衣服和学习用品等物质引诱，或用对家长课以罚款的手段强迫。荷兰传教士表面上干的是传教和办学校的工作，暗地里却从事搜集政治经济情报的间谍活动。他们常常被召去参加讨论统治方针的会议，为殖民统治当局出谋划策。他们还兼营商业。发放高利贷，收购鹿皮等，实际上他们是荷兰殖民主义者统治台湾各族人民的一支别动队。郑芝龙在台湾北部建有城寨。大量从闽南移民开垦土地。他地势力现在受到荷兰殖民者的严重挑战，一山不容二虎。荷兰人是不容许他的存在，而他也不允许荷兰人的存在，荷兰人背后还有一个国家，而他一个海盗出身，根在福建，家人、族人都在福建，所以他也必须找到可以帮助自己对付荷兰人地强大力量。
荷兰殖民主义者的另一种掠夺方式是进行垄断性的贸易。他们用只能做一餐饭的面粉，或只能做一件衣服地棉布，有时甚至只用一袋烟，就从高山族人民手中换取一麻袋米，一袋糖，或一对鹿角、一张鹿皮。然后将这些不等价交换得来的货物，运销中国大陆或日本。再从中国换走生丝、丝绸、茶叶、瓷器、药材，从日本换走白银。又把中国的货物运到印度尼西亚、日本或荷兰去销售。然后把从印度尼西亚用低价收购来地香料、胡椒、麻布、木棉、锡、铅等，转销到中国。这样贱买贵卖，从中牟取暴利。更可恶地是他们还在印度尼西亚等地种植鸦片，运入中国，毒害中国人民。据荷兰殖民机构东印度公司地账目显示，他们每年要从台湾掠夺七八千担糖，一二十万张鹿皮，几万担大米和其他许多土特产，他们的商业利润高达100－300。这种贸易手段使得做海上运营地郑芝龙损失很大，尤其是荷兰人逐渐主动与日本政府接触，使得他在日本国内的政治优势逐渐丧失，利润逐渐被荷兰人侵吞，虽然现在勉强能维持，但难保几年后会变成什么样，所以郑芝龙想找一个强大的靠山，这个靠山是谁都不要紧，只要能给了他大明官方的身份，得到国家的支持，为他打江山，这或许就是郑芝龙现在的心思，如果不出自己所料，南京魏忠贤的案头上不久或者已经摆放了一封与之内容相仿的信件！
史载郑芝龙对当时的台湾岛兴趣不大，不然也不会在归顺明朝之后迁居福建老家了，为何现在他的想法会于历史上的郑芝龙大相径庭呢？这个问题朱影龙自己一时也想不通，但这不会没有原因的，他相信。
虽然郑芝龙这些自私自利的想法有些令人不舒服，但这也不能说什么，至少他还是一个中国人，知道去打击侵略自己国家的敌人，虽然他的动机不纯，可以说不安好心，说不定等拿下台湾，就可能会野心蓬勃，割据一方，但这个时候他既然要打荷兰人，站在中华民族的高度，接受郑芝龙的招安是势在必行的，难就难在决不能让郑芝龙成为另外一个毛文龙，为此事，朱影龙想起了一个人，这个人就是新科进士陈子华。