这时，忽然天上传来一声鹤唳，一个白衣童子跨白鹤而来。孔宣几人首先飞到空中迎接，正是白石的童子玉笙。
轩辕见孔宣等人率先出迎，就知道是玄天宫中传来的旨意，马上带着人族跪下，听候圣父法旨。
玉笙童子也不下到地面，便在白鹤背上宣旨，令轩辕迁九黎八十一部出山，而蚩尤等人，虽发动大战，罪无可恕，但情有可原，让孔宣等人将五人带回蓬莱，听候处置。
人族虽然痛恨蚩尤，发动大战，让自己失去了亲人，但是所有人也都知道，如果不是圣父门下弟子的话，人族可能一败涂地。既然圣父传下旨意，自然没有任何异议。
原来后土和女娲在白石等人离开之后，看见下面两军大战，九黎必无胜理。但是九黎一族毕竟是巫族的血脉延续，后土也不忍心让他们从此就一直生活在那种险恶的环境之中。对于蚩尤等几人，虽然后土觉得他们不该肆意发动大战，但是他们那种为了巫族，舍生忘死的精神，还是让两个女圣人感动了一下，觉得就这样死了实在是可惜。女娲对于这些倒是没什么意见，自然赞同后土的处理。于是两人来到蓬莱，与白石的了因分身商谈关于蚩尤等人的处置之法。了因也不会让两人不快，便让童子来到人界传讯，将他们带回。
孔宣等人带着碧霄，蚩尤几人回到蓬莱之后，了因便让毓竹安排，将几人带到地府之中交给平心娘娘处置。平心娘娘知道几人的来历，对他们大力振兴巫族的志向暗暗赞赏，便令九凤化作孟婆，守在奈何桥头，专门为鬼魂洗去前世的记忆，蚩尤等人则分任阎罗，各掌一殿。
孔宣擒拿住天魔之后，用神念得知尚有一个分身深藏在血海深处，孔宣也无法从偌大得血海中将他找出，只好禀告了因道人，任凭了因处置。
因为白石本尊尚在天外与圣人打斗，不能用混沌珠灭掉天魔，但蓬莱岛中央的悬空岛内也有充沛的混沌之气。了因便将天魔禁锢在此，并设下一阵封印之阵，将天魔封印在此，让那混沌气慢慢磨去天魔的修为，最终将他灭掉。
轩辕将人界统一之后，那些大的部落在这次的大战中，都受到了不少的损失，元气大伤。而有熊部落因为得到孔宣等人的保护，相比之下实力远远高于别人。在轩辕手下大将常先等人的提议下，各族纷纷归顺，自愿成为轩辕的臣子，从而结束了以前那种松散的部落结构，确立了轩辕的统治地位。
轩辕将统一的人族称作华夏，之后，轩辕将各族聚集在一起，各种资源也得以统筹分配，减少了很多的浪费。人族又以极快的速度迅速的发展起来，几十年间，便恢复了大半的元气。但是这个时候，所有的人，都不再以部落为主，而是自觉的称自己为华夏子民。
轩辕为百姓披荆斩棘，开山通道他的足迹东到渤海，登丸山和泰山，西边到崆峒，登鸡头山，南到长江，登上熊山、湘山，北边驱逐荤粥，与各部落首领在釜山合符。他在涿鹿的广平山下建立都邑，周围守卫着军队；用"云"来命名官员的职位，设五种官职分别管理天、地、神、祗和物类，使各司其序，不相混乱。军队称云师；设立左右大监，以监察数以万计的大小部落；亲自主持对鬼神山川的祭祀封禅之礼；立宝鼎，用蓍草推算历法，预测未来的节气朔望；任用风后、力牧、常先、大鸿等贤能之人治理国家；顺应天地四时的轮回，遵循阴阳五行的变化，服从生死存亡的道理。
黄帝和妻子嫘祖身体力行，带领百姓开垦田地，播种百谷草木，植桑养蚕，用德行教化天下，勤劳心力耳目，节用水火财物，使人民安居乐业。
轩辕见人族渐渐兴盛，就知道自己离去之日已经不远了，于是他四处巡游，选择自己的继任者。
颛顼是轩辕与嫘祖之子玄嚣所生，聪明敏慧，有智谋，在民众中有很高的威信。他幼年曾去叔父的“少昊之国”游玩,10岁时就帮助治理国政。20岁时当了首领。当时,搬迁到平原之上的九黎族依然敬奉他们的巫教,崇拜鬼神。颛顼成为少昊首领之后,便下令禁绝巫教,要九黎族遵从轩辕的教化。他又重视人事治理,努力发展农业。他在任部落首领的期间，倾项视察所到之处，都受到部落民众的热情接待。
轩辕在巡游中，发现了颛顼的才能，虽然颛顼是他的孙子，但是所有人都不是因为颛顼的身份才认同他，这也坚定了轩辕传位给颛顼的决心。
轩辕将一些治理国家的方法教给颛顼之后，便慢慢的放开手中的权力，让颛顼一步步的去实践中获得经验。同时也给轩辕留出了更多的时间，让他来参悟天道。
颛顼不愧是轩辕看重的人，在轩辕离开的时候，他仍然将整个人族的事务处置的井井有条，一些本来不怎么服气的老臣也渐渐改变了看法，一心一意的帮助颛顼，治理起整个人族。
这天，轩辕从静室中出来，哈哈大笑，状极欢愉，众人急忙询问缘故，轩辕不答，只是下令，让颛顼接任人主，众人才知道，轩辕离开的时候到了。
这时天空传来阵阵异香，众人抬头望去，只见伏羲皇，神农皇联袂乘坐辇车而来，辇车前由数条飞龙拉车。人们见到这些景象，纷纷下拜。伏羲大笑道，“恭喜皇弟历尽尘劫，证得人皇。”
轩辕深深一礼，“劳驾皇兄前来接引，小弟愧不敢当。”要论辈分得话，从白石那里算起，三人得辈分相差甚远，但是一旦成为人皇，就是不死不灭得存在，虽然必起修为来，神农与轩辕远远落后在伏羲之后，但是彼此却能以兄弟相称。
伏羲一笑，“皇弟还不归来，更待何时？”
轩辕亦笑，“俗事皆了，正要与兄长同去。”说罢便飞身而起，天上降下大片得功德金光。轩辕证得人皇，修为又连上几层。
三皇伏羲居中，左边是神农，右边轩辕。人族见三皇同现，同时下拜，三跪九叩。三皇处射出点点光点，落在人界各地，凡是被光点接触到的，病者去尽沉疴，老者退去华发，幼者身轻体健。
三皇相视一笑，功德圆满，无限欢欣，架起龙辇，往火云洞飞去。