曹仲群调整混成协的高层军官人事没有引起新军的波动，倒是刘恩存因在会上质疑了协统大人的命令，被勒令停职自省，到伙房做了一员伙夫引起了轩然大波。刘恩存是谁，陕西混成协的标统，陕西新军的元老，因为一句话就被罚去伙房做伙夫去了。有些官兵不赞成协统大人对刘恩存行如此重的处罚，不过也只是在底下私议。另外一些纯粹是看热闹，到处宣扬刘恩存之事，甚至第二天刘恩去去伙房报到后遭到成百上千人的围观，成了新军一大奇观。通过刘恩存事件，再加上军法处和宪兵司令部的组建，曹仲群的目的达到了，从此以后，陕西新军中再无人敢质疑他的决定了，纪律更加严明了，陕西陆军混成协真正的掌握在了曹仲群手中。
张孝准对于曹仲群让他当副协统有点没准备，因为各地新军包括北洋六镇都只有正官，没有副职，曹仲群这是开了全国的先河。为了这个副协统，张孝准还专门跑去问了曹仲群，曹仲群只给他说了一句话，以后新军扩编，副职就是很好的储备干部。
曹仲群不是为了张孝准一人推行的在军中推行副职的，确实如他对张孝准所说，推行正副两位军事主官制度，有利于部队的扩编，那样就不会因没有干部而发愁了，还有就是利于战时主官牺牲，可以有副职顶上去接过指挥权，从而保证不因主官牺牲导致部队崩溃。他记得，历史上二战前德国和苏联的军队都实行过一正两副制度的，甚至还有一下三副的，德国是因为要扩编，苏联是因为指挥员牺牲过大。[]
张孝准是个大才，曹仲群知道，也是陕西新军中为数不多的受过正规军事教育的人之一，而且从历史上来看张孝准并无多大的野心，曹仲群不准备把他挂在副统领职务上闲着，副统领只能是做为张孝准的身份象征。曹仲群准备搞个陕西新军随营学堂，校长由他亲自兼任，张孝准为教育长，具体负责学堂的事务，至于学党的教习，张孝准答应由他来联络，不用曹仲群操心，曹仲群又规定所有标以上军官每周都要去学堂上一堂课，课题随便选。第一期曹仲群准备招一百二十人，一半由陕西陆军小学堂选送，顺便说一句，由于恩寿的倒台，原定在今年开办的陕西陆军中学堂没有开办；一半的名额留给了混成协低级军官，由各营管带官推荐，经过学堂的考试后方可入学。不过曹仲群还是开了下后门，把孙连仲和佟麟阁以及还住在舅舅家的杨虎城塞了进去。开办随营学堂得到了任职过南洋水师学堂总办的陕西巡抚沈瑜庆的鼎力支持，拨了一大笔银子到新军为开办学堂之用。
曹仲群不单单委任张孝准为随营学堂的教育长，同时委任他为新组建的陕西陆军混成协教导大队大队长，如果说随营学堂是做为培养军官用的，教导大队就是做为混成协专门培养士兵成为军官用的。曹仲群规定士兵如果表现优异，被教导大队选中，经过在教导大队锻炼一年后，可以升职为低级军官，即使没有做成军官，回来原部队后，也要升做为军士长，饷银自然跟着增加。曹仲群拟孝导大队初步只建一个中队，共两百余人，但这个中队必须要辖一个炮兵小队和一个骑兵小队，同样工程兵和辎重兵也要有，可以说是麻雀虽小，五脏俱全。
张孝准对曹仲群对他的几个新职务非常满意，以极大的热情投入到了随营学堂和教导大队的组建当中，成了新军中最忙碌的几个人之一。而另外一位曹仲群眼中的牛人吴佩孚对做了标统并不显得受宠若惊，好像是该他应得的似的，对曹仲群仍是爱理不理的一幅样子。但牛人还是牛人，曹仲群不得不佩服，吴佩孚上任一标，轻轻松松的镇住了刘恩存那些老部下，处理起事务来驾轻就熟。
至于步二标，原任标统马廷尚调去军法处了，现任标统又因顶撞曹仲群去伙房当了伙夫，只有一个新调来的刘崇毕副标统，不过刘崇毕可不像马廷尚那般软弱，曹仲群与他同窗两年也不知道这家伙脾气有这么大，这家伙到了二标之后椅子都摔断了好几把，每天都能听到他在训人骂人的声音，到二标几天时间就有不下于十人鼻青脸肿的跑到协部来投诉他们的刘副标统打人，当然曹仲群是不会受理的，久而久之就没有人来协部告状了，不过刘崇毕得了个“黑无常”的称号。
刘崇毕从一手组建的马营调去步二标，新上任的是原北洋第三镇的参谋孙岳，孙岳是明末名臣孙承宗之后，年少时就因才华出众而闻名乡里，为人行侠仗义，曾因杀了一名地痞，出家去五台山当了两年和尚，光绪三十年，保定武备学堂招生，孙岳身披袈裟应试，因成绩优秀被录取，毕业后入清第三镇任炮兵排长，后任三等参谋。曹仲群原本是想把他安插在炮营的，但骑营刘崇毕调走之后没有了主官，想来想去还是把他调到了骑营。骑营大多都是新募的兵，孙岳上任骑营自然是轻轻松松。
要说曹仲群现在最操心哪支部队，那就是炮营了。大炮作为战争之神，往往决定一场战役的胜利与否。原来是混成协没有一个懂炮之人，就担搁了对炮兵的训练。现在有了郭廷义这个懂炮的人才，曹仲群天天往炮营跑，督促炮营的训练，对郭廷义的要求是有求必应。
要说陕西陆军混成协这次调整受益最大的人是谁，不是张孝准，也不是吴佩孚，而是原来是曹仲群的副官的杨宝竣。杨宝竣在做曹仲群副官之前还是一个排长，在曹仲群身边也只呆了两个多月时间，又随着这次调整成了一标的副标统，升官就像坐火箭一样。杨宝竣调到一标，曹仲群就把徐永昌调上来做自己的副官，徐永昌并不是天姿聪颖的人，但他胜在比别人勤于学习，从一个随营的牵马的马卒通过自己的努力做到了军营的司书，这中间的艰辛是外人不知道的。后世人评价他身处乱世具有中**人的一切美德，这也曹仲群非常看重的，做副官不是做标统管带，不要你有多大的才，德才是最重要的。