陕甘的回民暴乱虽然被平定的七七八八了，但是残余分子却逃窜到了新疆地区。回民和新疆的维族人，还有中亚的各国百姓都信仰伊斯兰教，他们之间同是穆斯林兄弟，关系十分紧密。
因为当时朝廷的主要精力都放在处理太平天国和洋人的事务之中，所以导致朝廷对新疆的控制力度大减。从1862年开始，新疆各地，尤其是回民较多的北疆，都竖起了反清旗帜。库车、喀什、吐鲁番等各大城池都成了一个个的反清势力，组织了自己的武装和清军互相攻伐。
这些乱贼，势力大的，就是手底下有个几千人，势力小的，就是三五十个人聚集在一起。所以在初期根本没有引起朝廷的注意，只是派少量部队前去平定叛乱。
但是，这些乱民之中，有一个算是比较有政治智慧的，此人名为司迪尔，他占据着喀什城（维吾尔老城），手中有精兵八千，是新疆排名比较靠前的大军阀。司迪尔为了壮大，自称“埃米尔”，并且派使者到浩罕国去请“圣裔”来做他们的领袖。
浩罕国位于今天的乌兹别克斯坦，是中亚的重要国家，也是一个伊斯兰教国家。浩罕国境内，有相对来说比较多的圣裔。所谓圣裔，就是先知默罕默德的后裔。在信奉伊斯兰教的穆斯林眼中，圣裔是崇高的，尊贵的。穆斯林的国家理应由圣裔来管理，其他人都不具备这个资格。
司迪尔希望能够找到一个圣裔，这样就可以让自己更具有号召力，其他的维族势力也会因此归附到他的旗下。
1865年春，浩罕国大将阿古柏受命带兵护送“圣裔”布素鲁克到喀什。抵达喀什之后，阿古怕和布素鲁克也不客气，竟然将邀请他们来的司迪尔赶出了喀什城。布素鲁克和阿古柏雀占鸠巢，当地了喀什老城的新主人。
司迪尔没想到竟然请进来一条狼，差点把自己吃了，当然大怒。于是就带兵七千，对阿古柏和“圣裔”布素鲁克发起了进攻。
阿古柏此人勇悍无双，而且这次还有“圣裔”的支持，占据了宗教高度，所以他竟然带着一百多骑兵大败司迪尔的七千人马。其后，阿古柏又多次击败司迪尔，收编了司迪尔的部队，将司迪尔逐出新疆。
同治四年（1865年）四月，阿古柏扶持“圣裔”布素鲁克在喀什建立“哲德沙尔汗国”。建立国家之后，阿古柏南征北战，迅速的在新疆南部打下了一大片土地。
同年夏，阿古柏率军进攻喀什（汉城）。喀什是清军在南疆的唯一一个根据地了，一旦此城丢失，则朝廷的势力就会被彻底的驱逐出南疆。
而朝廷在北疆实际上也基本没有掌握几个城池了，所以，此战如果战败，大清相当于就会丢了整个新疆。
此刻，接到喀什被围的消息之后，原本对新疆的局势抱着放纵态度的朝廷终于忍受不住了，如果再任由这种局势发展下去，这片“新得的疆土”就会失去。
但是朝中此时却分成了两派，一派坚定的认为，大清的主要敌人是英、法列强，现在国家的精力应该是放在处理海防之上。至于新疆，本就是乾隆爷刚得到的领土，而且又远离中原、土地贫瘠，所以可以暂时放弃，等到朝廷势力强盛之时再发兵征讨。
另一派则认为，海防重要，塞防也同样重要。新疆五千里江山是经过康熙、雍正、乾隆三代，上百的时间才征战得来的，不可轻言放弃。
在朝中，两派人马发生了争论，其后，各地方大员也纷纷表态。在地方上，江苏巡抚李鸿章主张放弃新疆，而闽浙总督左宗棠主张征讨新疆。
李明峰在得到消息之后，立刻上书清廷，表明立场，请求朝廷立刻派兵出征新疆，驱逐阿古柏。但是慈禧却回了李明峰一封密信，信中将朝廷的难处都写了出来。
就比如李鸿章等人，也不是不想要新疆这大片领土，而是朝廷力有不怠。打仗是要银子的，而新疆地区局势复杂，绝不只是阿古柏的问题，所以这就注定了这场仗是要花费大量银子。
假如整场战役需要投入二十万兵力，耗时两年的话，那就需要至少花费两千万两白银。这还是乐观估计，实际上新疆的阿古柏势力的背后还有浩罕国、沙俄、大英帝国的影子。要是他们再插手，那事情可就不妙了。
而且即便只是两千万两白银，那也不是朝廷可以承受的起的。北洋水师的筹建费用，已经耗尽了朝廷未来五年的一切盈余，朝廷不是不想征讨新疆，而是没有银子征讨新疆！
李明峰知道，如果在辽东靠奏折来表明态度，朝廷不会重视，所以连忙启程，亲自入京，他要当面和慈禧太后探讨一下新疆问题。毕竟这么广大的土地，怎么能说放弃就放弃呢？
后世为了一个小小的钓鱼岛，都能争斗几十年，现在新疆这块土地，可比钓鱼岛大上万倍，竟然说不要就不要了？
李明峰将辽东的事务暂时交给了杜翰、焦佑瀛、刘铭传、李秀成等人处理，自己坐着轿子，带着几百亲兵护卫就奔北京去了。
八月初，李明峰进京，慈安太后、慈禧太后和醇亲王奕澴、工部尚书倭仁、礼部尚书宝鋆、刑部尚书绵森等人在乾清宫东暖阁和李明峰见面了。
看着风尘仆仆的李明峰，慈禧太后有些不解的问道：“太师大人，你从辽东大老远跑回来，就是为了新疆的事情？”
在慈禧看来，李明峰可是绝对的自私自利者。正所谓无利不起早，现在朝廷无论是否征讨新疆，和李明峰的干系都不大，慈禧实在是想不明白，李明峰为什么这么重视万里之外的那块贫瘠的土地。
李明峰解释道：“新疆可不是什么小事，此地虽然民风彪悍，物产又不丰富，但是此地却是大清之门户。沙俄雄踞西北，对我虎视眈眈，英吉利控制印度，也时刻觊觎着新疆。如果大清不采取有效手段的话，三年五载之内，新疆就会成为沙俄或者英国的势力范围。
到时候洋人的大军，就直接驻扎在陕甘的眼前了！到时候，大清就会时刻受到洋人的威胁，连自强的时间都没有了！”
目前主掌朝政的醇亲王奕澴说道：“朝廷兵力有限，无力征讨。而且目前国库空虚，根本拿不出军费来。”
所谓的朝廷兵力有限，李明峰也知道是怎么回事。实际上现在光北京附近能够调动的兵力，起码就有二十万，陕甘能调动的也不下十五万人。只不过朝廷不放心南方的曾国藩和北方的李明峰，朝廷主力不敢离开京师。所以才有兵力有限一说。
李明峰无奈的道：“那此事就交给臣来办理吧！”
宝鋆惊道：“常胜军都是火器部队，所费银两更加巨大。此战起码需要数千万两白银来支持，太师大人，你要想清楚啊。”
宝鋆也同样是对李明峰有比较深的了解的官员，他也实在是无法理解，李明峰企图自掏腰包征讨新疆到底是为了什么。要知道，即便新疆这块土地被常胜军控制了，也没有什么作用。
新疆距离北京有七八千里的路途，没有战略价值，而且土地贫瘠，收不上来什么税银，再加上当地回民生性彪悍，当地部族、宗教力量雄厚，所以这块土地无论到了谁的手里，都是负担罢了，得不到什么好处。
李明峰也不理会众人的怀疑，继续说道：“没办法了，只能以战养战！康熙爷和乾隆爷在新疆怎么做，我就怎么做。朝廷只需提供粮草和运输便可，至于武器弹药，我可以从洋人手中赊，至于军饷，那就看我的手段了！”
慈禧闻言，也初次露出了凝重的神色，因为她看出来了，李明峰决不是说着玩的，他这是真的要出兵征讨新疆了。
就如李明峰所说，新疆对地方势力来讲是个负担，但是对国家来说，却是个战略要地。新疆能有效的缓冲沙俄和英国对大清的压力，如果新疆在大清手中，则沙俄要从西北进军京师，英国要从西南进军京师，那起码就要经过长达万里的路途。
这一路上，大清有足够的时间和距离还准备反击。但是如果新疆落到了列强控制的傀儡政权手中，那就不一样了。英国或者沙俄的军队直接部署在新疆，就会直接威胁陕甘，朝廷就不得不将主要兵力布置陕甘来防守了。
这样一来，大清的压力可就太大了。稍有不慎，就是个灭国的结局。
慈禧将目光望向了奕澴、倭仁等重臣，希望他们能给出一些建议。
老顽固倭仁摇了摇头，叹了口气，语气沉重的说道：“太师大人忠君爱国之情，溢于言表，另老朽汗颜。”
倭仁这个老顽固当然是主战的，但是他万没料到，一直被他当成洋鬼子的走狗的李明峰竟然能主动要求去征讨新疆，要知道，这次弄不好是要直接面对洋人的。
从这次以后，倭仁对李明峰的看法也有了很大的改观，不再事事都针对李明峰了。
没等别人发表意见，慈安太后就抢先说道：“恩，常胜军只有不到十万人马，所耗费粮草也不会太多，妹妹，此事就这么办吧，你看如何？”
慈安此言一出，别人都有些惊讶。这位太后基本上是和泥塑的菩萨一般，本就极少上朝，就是上朝，也往往是一言不发，所有事情都由慈禧拿主意。今天慈安太后发言提出自己的见解，也算是破天荒了。
慈禧伸手轻轻的拍了拍慈安的手，示意她暂时不要着急，转口问道：“李太师，你看此战需要多久能够得胜，你准备调动多少人马，你还需要朝廷做什么？”
李明峰道：“回圣母皇太后，阿古柏不成气候，所辖人马不足五万，而且还分守各地。所需顾虑的不是阿古柏，而是他背后的浩罕国和沙俄。但是目前英国人死盯着沙俄，咱们只需要能够利用好英俄之间的矛盾，沙俄这个障碍就能排除。
至于浩罕国，虽然实力不小，但是还不放在我的眼中。这次我准备调动五万人马前去，如果顺利，只需一年就可平定新疆！。朝廷需要做的，就是帮我筹集粮草，并且将粮草和武器弹药即时送到甘肃嘉峪关一代，并且还请朝廷赋予我调动新疆境内的军队和官员的权力。”
出了嘉峪关，就是新疆范围了，朝廷在嘉峪关外的军队已经不多了。所以李明峰也没有强制要求朝廷将粮草、弹药送到前线，能送到嘉峪关，李明峰就可以自己去运了。
慈禧点了点头，应道：“既然太师肯出兵，那哀家也不好劝阻。不过，此战只可胜，不可败。若是落败，那后果你应该知道。”
李明峰道：“臣明白！”
新疆地区的人都信仰伊斯兰教，和陕甘的回民有千丝万缕的联系。现在陕甘民乱，可算平定了个七七八八，如果朝廷在新疆被穆斯林打的大败的话，那陕甘地区的回民恐怕也会趁乱而起。
而且沙俄早就渗透进了新疆，这次朝廷征讨新疆，一定会激怒沙俄，如果大清战败，沙俄一定会得寸进尺，继续往嘉峪关内部渗透。到时候不但新疆丢了，就是陕甘能否掌握在朝廷手中，也都是未知之数了。
慈禧看到李明峰去意已决，不禁站了起来，高声道：“好，那哀家就任命你为钦差大臣，总管新疆一切军民事务。有权调动嘉峪关外大清兵力、官员，有权进封三品以下官吏，有权阵前斩杀二品以下命官。”
李明峰闻言，连忙跪下，高声道：“臣李明峰谢太后隆恩，万岁！万岁！万万岁！”