从佛罗里达绕到古巴岛北面，花费了这支运输船队大约4周的时间，他们得冒险从乔凡尼舰队的辖区躲避开巡逻舰队慢慢前进，并不断地侦察和搜索。不过在不久之后，他们的耐心就得到了回报，趁着一个浓雾天气，运输船队在古巴岛西北接近尤卡坦半岛的地方登陆，并且放下了大约4000名以西班牙人为首的远征军。
强大的西班牙陆军表现出惊人的作战能力，他们像一台台移动的火力堡垒，迅速攻克了古巴岛15个城镇中的7个，其中也包括古巴省的府治所在地圣地亚哥城，包括省长比卢察坦在内的大量印第安人被俘虏和屠杀。此后，他们在卡马乔城外与前来作战的公国陆军第17师鏊战，虽然印第安部队的战斗力有所提高，但他们毕竟用的还是部分火枪及大部分的长矛弓箭，无法与正规的西班牙火枪阵列所抗衡，加上前往古巴的远征军司令是大名鼎鼎的西班牙军团之父“伟大的上尉”科尔多瓦的弟子，巴勃罗勋爵——他曾在奥特兰舰队陆军中服役——他的战术造诣丝毫不亚于其师，此次被受命为将军，他以少打多，选择侧翼突破的战术，动用坚固的横列火枪阵以及壕堑来守住薄弱的中央，在将近一整日的拼杀后终于完全击溃第17师，该师7100多人，只有不到500名步兵掩护其师长胡恩少校撤退到海岸。
乔凡尼舰队根本无法施展开火力，他们只能凭借舰炮和少量岸防工事，掩护岛上的居民和军队撤出，第18师驻防在牙买加，闻讯之后原本想要立刻支援古巴，但被乔凡尼派出的使者制止了。
第18师还只有个雏形而已，武器和训练度都停留在初级水平，他们拉上去战斗无异于给敌人增加军功罢了。
于是，乔凡尼很快制定出战略，古巴当地的印第安人除了纷纷涌上受舰队保护的海岸等待登船以外，便毫不犹豫地点燃自己的家园，点燃农田和树林，捣毁城镇和一切可以利用的东西，随后大规模地撤退。
巴勃罗勋爵对于舰队是无计可施的，他只有以最快速度分兵占领古巴全境。
另一方面，取得胜利的彼得也无法继续战斗下去，他给乔凡尼舰队留下一点物资后，炮轰了圣地亚哥城，随后向特立尼达岛转移；不过他的行动都在雅克的预料之中，他带领一支舰队在其必经之路设伏，利用火攻和游斗纠缠，重创了毫无防备的彼得舰队，摄政阁下在第3舰队塞索斯准将的接应下，方才离开了战场，但身负重伤。此役，第1舰队660吨级的“巴伐利亚”号、250吨级的“艾德-蒙德”号、350吨级“神圣罗马”号以及公爵阁下很喜欢的80吨卡拉维尔船“梅儿”号都在海战中沉没，“王权”号的横肋被烧出30英尺长的空洞，用两根巨大的舵杆撑住，并用铁链扎牢，才得以艰难地开回港口。
由于战争的威胁，无论是前往欧洲，还是进入新大陆的商船队都纷纷改变了航向，公国现有的几支商船队除了远在欧洲的以外，其余全部进港，或改编成后勤运输队，或改造成为武装商船。在与联军的战争时期，公国各项收入剧减，移民们惶惶不安。
由于联军的策略是分路袭扰，一路主攻，而开战初期公国高层的盲目乐观以及宗教原因造成的政治混乱，使得公国连连失利，只是凭借着船只和火炮技术上的优势方才艰难地顶住了敌军一**的连续攻击。
漫长的巴西海岸线更是经历了前所未有的灾难。
这里长期以来都没有正规的舰队，由于巴西刚刚实行殖民，这里最多只是一些搜集当地特产品的小商港而已，像里约热内卢这种大地方才会有炮台和武装商船。
好在巴西还有科尔特斯和老索巴的侄女爱琳坐镇，这两位一个有着丰富的冒险经验和在印加大陆特殊环境下开展工作的办法，另一位则把持着庞大的总督领一半以上的资金分配，她把资金优先使用在海岸线的防御上面，凭借着总督的个人魅力，号召了大批印第安人同时施工；此外，她投入巨资在舰队建设方面，几乎巴西所有的造船厂都得到了总督府低息甚至无息贷款，迅速扩大了规模，按照公国型制赶造起大批的战舰来。
对付那些葡萄牙奴隶贩子，科尔特斯则很有心得，他组织起一小批一小批的武装人员，带着凶猛的阿拉伯牧羊犬或者意大利獒犬前往搜捕，这些犬都是当初科尔特斯在尤卡坦半岛清逐西班牙势力所特意培训的，他们分辨得出欧洲人的气味，而且服从于主人的命令，当他们从潜伏的地方奔出，浑身暴绽起毛发，喉咙中发出低沉吼叫的时候，那些原本很是残忍的奴隶贩子通常会吓得连枪都端不稳了！
葡萄牙等西欧海盗在巴西的连续骚扰，也使得索尼娅意识到了巩固后防的重要性，她宣布扩编驻防首都的第1师，将新墨西哥港、路克港等地置于严密的军管之下，此外，她敦促中央省3个大型造船厂，当然也包括全新大陆最大的造船集团“新墨西哥造船厂”赶紧拿出新的产品出来——由于特立尼达公国在新大陆的地盘扩张得太快，加上有利可图的欧洲贸易，导致公国的战舰数目虽然很多，但每个省份、每个领地分摊到的就相当的少了。而且，第1舰队的战败，也使得许多民众开始恐慌起来，他们也给“流血周”之后的政治气氛增加了太多的凝重感。
安德烈亚将军继续着自己的部署，他听从雅克的建议，避免在海上与公国决战，而把战场转移到公国并不擅长的陆地上来。在古巴，他们尝到了甜头，随后，出于征集更多粮食的考虑，安德烈亚让西班牙人分头行动，前往尤卡坦半岛、洪都拉斯及危地马拉登陆，准备扫平这一地区，为进攻墨西哥打好基础。