麦小六在找到余姚谢家这条线索后，立刻调动了中华公司在浙江的所有眼线，顺藤摸瓜追查下去。最后，甚至现了部分浙商的资金。麦小六再通过南直隶的商情部细作，打探出这些资金经过一番流转后，最后都在谢家位于金陵城北的商号兑成白花花的白银，进入了应天府的府库，名义上是江南士绅的捐纳，划归南京兵部专用。
麦小六一路追到南京，在南京花了笔钱贿赂了南京兵部的一名管库文吏，从他手中得到了府库交接的清单。
最终提取这一笔银子运往浙江的，是署理新军练兵事务的南京经略熊廷弼，具体经办人是户科给事中姚宗文。押送银子的是直属南京经略熊廷弼指挥的南京守备标营官兵。
麦小六到达南京时，距离他离开镇江已经一个月后了。同样在追查此案的林晓，却由于一到南京就遇到了官绅士子围攻中华公司商馆一事，被一群士绅弄得焦头烂额。因此，他忙于调动人手将商馆撤离南京，还来不及去查办此事。
麦小六来到南京时，那些整日鼓噪不休的士子甚至还在南京经略熊廷弼的府邸前示威，要求他出兵收复镇江、苏松等地，赶走海寇。这群士绅是从江南中华军控制区逃出来的，围攻中华公司-华兴联号商馆就是为了报复挑衅。
明朝初年，江南士绅由于对朱元璋采取不合作态度，曾被朱元璋狠狠教训了一顿，老实了好多年。而如今的江南士子，奔竞请托、行为张扬、隐漏钱粮、好持公论、包揽词讼，出入公门，勾结胥吏，干预行政，武断乡里，操持舆论，是他们的基本社会形象。绅士更是结社成帮，党同伐异；干预行政，把持乡里；侵夺小民产业，横行不法；肆意奴役乡民；接受投献，蓄奴成风；奢侈淫佚，醉生梦死。有鉴于生员的恶习劣行，另一时空中的大儒顾炎武甚至将生员与乡官和吏胥，比作“天下之病民”的三种人，主张：“废天下之生员而官府之政清，废天下之生员而百姓之困苏，废天下之生员而门户之习除，废天下之生员而用世之材出。”
象董其昌那样表面上道貌岸然，实际上却是乡土一霸，纵容恶仆为非作歹，结果惹起了士子、百姓群起而攻击，则有所谓“民抄董其昌”之变。江南各地也多奴变，大明仕宦本来就享有蓄奴特权，而江南士绅更滥用这种特权，远法律规定大肆蓄养奴仆。“……吴中士宦之家，有至一二千人者。”徐阶、董份、董其昌家，投靠家奴皆达上千。所投靠者，表面上出于自愿，多半却是因为缙绅大户独多，享受优免特权，繁重的赋役负担全部落在小民头上，小民出于无奈而不得不投靠势家以求庇护。如董其昌就是“膏腴万顷，输税不过三分，游船百艘，投靠居其大半”。董其昌宅第被乡民焚毁，家财被掠。
（另一时空的明清鼎革之际太仓、**、嘉定、昆山、石门、金坛、溧阳广及苏松常嘉四府之地纷纷生奴变，索契杀主，实在是缙绅地主长期作威作福的结果，咎由自取。明末江南奴变最为激烈，与当地豪门最为集中、蓄奴风气最盛、驭下最为苛酷是有着必然联系的。）而中华公司由于在自己统治区急于需要各种劳动力，而且也有着大量倭人、西班牙、荷兰战俘以及土著人可以随意役使，因此极少有蓄奴的富商大贾。尹峰对于利用奴隶劳动没有兴趣，不过鉴于现实因素，他也不反对大量利用被打败的土著以及各国战俘做苦力。而江南家族中的那些奴仆，中华公司都是当做潜在移民对象看待的。况且农民可以三年免征赋税的政策摆在面前，那些小民无需承担繁重的赋役，也就无需投靠那些官绅士子了。由此，不少奴仆造反事件在中华军统治区生，而中华军对此采取的态度是不闻不问，出了人命则将主家抄家，有命案在身的奴仆抓起来送往海外殖民地，服苦役若干年；其余的奴仆则就鼓励他们离开主人家，去**、琉球、吕宋、婆罗洲、爪哇、苏门答腊等等地方，那边有大块的土地等着他们去耕种，除了给公司交租，别无劳役。因此，大批奴仆、佃户、流民都投奔了中华军。
中华军进入江南的初期，士绅们被他们的武力镇住了。后来现这帮海寇想着要招安，也并不乱杀人，也就壮着胆子为着自己的利益和地方利益向中华军难。不过，中华军并非在地方上行政必须靠地方士绅的明朝官府，他们是讲究以法治民的，士绅们的特权一样也没有，官绅民一体纳税是公司的基本政策。做买卖必须和小商贩一样纳税，出了命案就必须以法惩办，没有什么人情可讲。闹事太出格的士绅，统统被中华军抄家灭族，震慑得各家官绅士子闭门不出。而且，即使官绅们罢市、歇业，抵制镇守府的行政措施，都会有中华军黑衣士兵上门来以武力解决问题：中华军和镇守府不需要士绅们的财力和实力，就能在地方上推行自己的施政措施。官绅们如果武力反抗，那也是毫无用处的，中华军的武力加上动中下层民众的能力，轻易就能将官绅们的反抗淹没在血泊中。
陈衷纪来到江南镇守府后，同样以强力手段推行不扰民但是不姑息犯罪的政策，也拿出了一点胡罗卜来笼络江南士绅：服从中华军统治者，可以进入镇守府议事局，可以在公开的议事局会议上挥士绅们的口才和文采，可以对任何事表意见，可以推举审计员核查镇守府官员。而且，所有议事局委员都可以指责官员，但是必须有证据，无证据的指控镇守府方面一律不予理会。
江南士绅盘根错节、互相勾结的势力，在以政府暴力为基础的有效行政机构面前，完全是毫无意义的存在。
因此，这些士绅不敢在中华军统治区闹事，却逃到大明朝统治的南京来闹事了。
而且，麦小六通过浙江之行，查出了一堆苏州、松江、镇江等地官绅富商的名单：这些人都出钱捐纳了军饷，给朝廷练新军之用。
麦小六看到南京的乱象，也看到了林晓正在组织公司人员撤离南京。他认为自己的任务并不包括帮助林晓办理琐事，率先离开了南京回了镇江。林晓在三天后才在镇江听取了麦小六的调查报告。在场的还有陈衷纪，他在三天前就知道了麦小六的调查结果。
林晓非常嫉妒地听了麦小六的报告，脸上却是没有什么表示，冷冷地说：“如此看来，新军的军饷是江南各家官商士绅以及盐商、晋商们筹集起来的,主要出资者是江南的官商大贾，起者是余姚谢家。江南官绅这么做倒是可以理解，这徽商、晋商可是和我公司有着紧密生意往来的。可恶！这是明显的脚踏两只船吗！”
麦小六点点头：“这些家官商大贾联合起来，其势力不可小看。我打听到他们第一笔军饷就筹到了一百万两之多。我已经动用商情部的信鸽，给船主大王送去了调查报告，详细的报告也在昨天用海风号送往**港了。”
林晓脸色一黑，低下头沉默不语，心中对麦小六随意动用自己管辖的商情部信鸽十分不满，碍于陈衷纪在场，竭力把怒火压抑下去。他咳嗽几下，低着头不看麦小六：“呵呵，大王有过命令，只需查出新军经费来源即可，并无进一步行动的指示，我们现在该如何办？”
陈衷纪作为江南镇守府总管，兼管军政民政，考虑得比较全面。他缓缓地说：“此事不可操之过急，我想靖海王殿下不太会立刻对新军下手。先得解决的是晋商、徽商中那些违反秘密股东协议的人。”