花开两朵，各表一枝。

就在万历亲政后不久，东北一个二十五岁的年轻女真人也开始登上历史的舞台，几十年后，这位女真人将给万历带来很大的麻烦，而他所建立的后金，最终取代了明朝。这个年轻人的名字叫努尔哈赤。

东北问题由来己久，明朝成立之初，派兵将蒙古人驱逐出东北，并将领土扩展到辽东地区，蒙古人退出辽东后，仍时常来袭扰。为弥补东北地区军力的不足，明朝采取了“以夷制夷”的战略方针，扶持驯化辽东以北的女真人，协防辽东，以抵挡蒙古人射来的冷箭。

具体的做法就是建立卫所，封女真人头领为卫所官员，将其统治合法化，并采用朝贡（实际上是女真以少量物质换取明政府大量赏赐）的方式对其进行补贴。明朝的卫所制度和朝贡、贸易政策有利于女真社会的展和完善。

明代女真按地理位置分为建州女真、海西女真和东海女真（野人女真）三大部。明初在女真人地盘上建立了许多军事机构，最远达到黑龙江入海口的努尔干都司，基本上覆盖了整个女真人的地区。这些卫所名义上隶属于明朝，实际控制权在女真人手里，是女真人自治区，明朝并不能进行有效的管理。

东海女真人地处偏远，生产生活方式比较原生态，对东海女真的管理难以实现，明朝主要是对南迁的女真人进行了管理。

明初住在牡丹江和松花江交汇处的女真人两个部落（胡里改部和斡朶里部）因不堪野人女真的侵扰南迁。

其中胡里改部南迁到绥芬河流域的凤州地区，其领阿哈出万户到明廷朝贡，明成祖朱棣在胡里改部设置建州卫，任命阿哈出为指挥使，赐姓名李诚善，建州女真由此得名。

斡朶里部迁到斡木河（今朝鲜会宁）一带，后受到朝鲜的驱逐也来到凤州，明政府增设建州左卫，封其部万户猛哥帖木儿为指挥使。

明宣宗宣德八年（1433年），建州左卫因给明朝效力受到蒙古人毁灭性打击，猛哥帖木儿被杀，长子权豆被杀，次子董山被俘。此后其弟凡察继续掌管建州左卫，不久董山被赎回。

1442年董山和凡察为争夺建州卫指挥使的位置闹到明中央政府，明政府根据历史和现实分建州左卫，增设建州右卫。与建州卫合称建州三卫。

与此同时，海西女真也因受到野人女真和蒙古人的侵扰不断南迁，嘉靖时期定居在开原以东以北地区，形成叶赫、辉、哈达和乌拉四部。

建州女真和海西女真在明朝中期定居以后，吸收了汉族先进生产力和先进文化，生产力得到展，势力不断壮大，逐渐对明朝构成威胁，辽东问题由此萌芽。明朝中期以后，遏制女真人逐渐成为明朝与女真关系的主要方面。

明政府一方面实行枪打出头鸟，如果某个部落不太听话或是比较强大，就挥舞军事和经济大棒对其进行“瘦身”。另一方面实行以夷制夷，对女真人采取分而治之的政策，使其内部分裂，互相牵制，互相仇杀，以坐收渔翁之利。

土木堡事变后，建州女真不太听话，明政府采取经济手段进行遏制，于是其领董山带兵在辽东地区进行抢劫。成化四年（1467年）四月，明廷以朝贡为名诱杀董山。九月，明朝和朝鲜联合进攻建州女真，建州女真受到沉重打击，力量大大削弱。

此后双方维持了较长时期的和平，经过一百多年的休养，建州右卫在浑河上游、建州卫在猪婆江又重新壮大。明政府再次采取限制措施，引起了建州右卫领王杲的不满，隆庆时期，王杲多次打败明军，辽东形势危急。

同时，海西四部的力量也强大起来，其中以哈达部最为强盛，海西各部都服从哈达部领王台。