全国土地会议后，各解放区又派出大批土改工作队去农村搞第二次土改，也称土改复查。
上级指示土改工作队：踢开农村的党政基层组织，组建贫农团。一切由贫农团说了算，贫农团想怎样干就怎样干。工作队要当贫农团的后盾、靠山。
工作队进村后，先是“访贫问苦，扎根串连”。对穷人进行访谈，从中找出“苦大仇深，敢于和财主斗争”的人作为“根子”。再由“根子”串连其他的人，就像传销那样上线串联下线，把穷人组织起来，成立贫农团。
在土改运动初期，真正的朴实勤劳的穷苦农民，常常是采取犹疑观望的态度，开始涌现出来的“积极分子”，大部分是好吃懒做、偷鸡摸狗的“二流子”。他们把第一次土改清算分得的胜利果实都吃光花净了，见到又来搞第二次土改，真是“馅饼又从天上掉下来”！他们喜出望外、热烈欢迎！工作队见到他们又穷又胆大，又对土改热情高，于是，他们中的许多人就成了“根子”，当了贫农团的头头和骨干。贫雇农说了算，就是贫农团说了算，实际上就是这些头头和骨干说了算。
由于解放区一直鼓励并帮助农民勤劳致富，这时，大批勤劳朴实的原来的贫农已经上升为新中农，贫雇农的比例在许多乡村已不到一半。这些贫雇农中，由于好吃懒做、赌钱搞女人而致贫者有不少人。因此，贫农团内鱼龙混杂，真正勤劳朴实的贫雇农并不多。根本代表不了真正意义上的贫雇农群众，更代表不了广大的农民群众。
土改不单纯是为了“平分土地”，更重要的是要激起穷人对财主的仇恨，再引导到对国民党蒋介石的仇恨。让他们积极参军、纳粮，支援前线。于是，工作队就通过“挖苦根（讲剥削）”、“吐苦水（诉苦伸冤）”、“算剥削账”等方法对农民进行阶级教育，提高他们的阶级觉悟。
接着，就划分阶级成分，斗争地主、富农。斗争大会通常是以村为单位召开，也有联村召开的大会。被斗争的地主、富农分子都低头弯腰地站在或跪在临时搭成的台子上，有的被绑起来或戴上镣铐。斗争地主的“积极分子”一个接一个的跑到台上，控诉地主的罪恶、伸冤报仇。他们声泪俱下、义愤填膺、咬牙切齿、唾沫横飞。斗争民愤很大的恶霸地主时，这是他们真情的流露、爆；斗争白稼轩式的“土财主”时，他们都要事先经过工作队的排练。
斗争的气氛渐进**时，就有人领呼口号：“打倒吸血的狗地主！”……，气氛进入**。这时，几个事先安排好的“勇敢分子”蜂拥而上，和控诉人一起痛打狗地主，有许多地主被当场打死。
接着，就没收地主的土地、房屋和其他财产。采取的方法就是“扫地出门”，让地主家的男女老幼“净身出户”。
接着，就挖地财。贫农团设置刑讯室，施用各种酷刑拷打地主和地主婆，逼问他们把“金银财宝都藏在哪里了”。许多人被活活打死，还有许多人不堪凌辱而自杀。
许多地区对地主中的大中小、恶霸非恶霸不加区别，对地主和富农也不加区别，一律“扫地出门”，进行“流血斗争”；他们斗争、打击了许多对抗日做出过重大贡献的、支持**的开明士绅和知识分子，其中不少人被杀或自杀；他们把工商业者作为“化形地主”来斗争，任意抄没他们的商店、工厂等财产。……
土改取得了伟大的胜利，贫农团就分胜利果实。从地主、富农（有很多户其实是中农）没收来的土地、房屋、牲畜、农具、家具、衣服被褥、日用杂物等等，都按贫农团提出的办法进行了分配。农民翻身，土地还家，大家高呼“万岁”，歌唱“大救星”。当时，他们谁都没有想到，几年之后，他们那些“还家的土地”和“在家的土地”，全部被高级社、人民公社无偿收归“集体”。
土改胜利完成，在“保卫胜利果实”的口号下，大规模的征兵、征夫、征粮、支前的工作开始了。适龄青壮年都要参军，没参军的要参加担架队、运输队，妇女们要做军鞋、缝军衣。不管是自愿的还是被迫的，只见大批农民变成的新士兵源源不断的开赴前线；如同蚂蚁般的支前民夫，抬着担架、担着或推着粮食和军衣军鞋，也源源不断地奔赴前线。
土改复查运动中，曾大搞“搬石头”，就是把前期土改中涌现出来的干部、**员看成是“绊脚石”，凡当过党、政、团体委员以上的干部统统罢免，说只有把“石头”搬开，才能组织阶级队伍，以便搞起村村点火、户户冒烟的平分土地运动。于是，就进行整党、审干，整编队伍。
当时认为：党内阶级成分不纯，即党内存在大批的混进党内的“阶级异己分子”（地主、富农分子），地主、富农的剥削阶级思想在一些地方党内占了统治地位。
于是，整党、审干的重点，就是让贫农团“查阶级”，查每一个“石头”的三代（本人和父亲、祖父）。如果现有一代是地主富农者，他就是混进党内的“阶级异己分子”。然后，再查他的思想和作风。查出严重问题的，就处分，就批判斗争。
整党过程中，随着工作队对群众的鼓动，农村长期积累的一些复杂的宗族、私仇及干群之间的矛盾逐渐爆，工作队又火上浇油，使之不断激化。于是，导致大量冤案错案出现，许多好的干部、党员被错划为“阶级异己分子”、“蜕化变质分子。他们像地主那样被贫农团残酷斗争，殴打致残、致死和自杀的事件时有生。有资料记载：涉县更乐区182名党员，被斗争的24人，其中17人被开除党籍，2人被处死，1人自杀，，被扫地出门的12户；晋绥全区43ooo个农村党员中，开除了约1oooo名，占总数的24％，村干部与党员有317人非正常死亡，冤死的好人占了绝大多数。