舰队沿江而上，一些快艇、鱼雷艇加入了舰队的序列。南京江面有不少湘军水师的战船。为张玉祥舰队提供了大量的靶标。完全一面倒的水战。枪炮声中，江面上到处是燃烧的湘军水师战船，江面上到处是落水和跳水的湘军水兵在挣扎。第一舰队的快艇和大船上放下的划艇在战斗的同时不停在江水中搜救落水的湘勇。这更瓦解了完全处于挨打状态的湘军水师的战斗意志。终于，在鱼雷艇发射的鱼雷击中了湘军仅有的两条试图向上游撤退的进口蒸汽动力战舰之后，湘军残存的船只不知道是哪一条带头，纷纷挂出了白旗。自豪的曾经横行长江流域的湘军水师主力投降了，哦，是残部，有些挂出白旗的船只本身已经在燃烧下沉，停止战斗后第一件事情就是向江面放救生艇。

本来，湘军水师战船中并没有特别值得鱼雷攻击的有价值的目标。而且由于火力和航速的巨大差别，他们也没有脱逃的可能，即使跑到炮台火力掩护的范围之内也毫无用处，炮台本身也遭到了猛烈的炮击，根本没有还手的力量。鱼雷艇的攻击仅仅是编队在实战条件下在长江水面进行的打靶演练而已，效果相对逼真许多，而且节省了制造靶舰的时间和费用，而且是上面有人驾驶，枪炮正在射击的移动中的目标。有一枚鱼雷还真的脱靶，因为鱼雷艇编队为了训练需要在演练不同距离、角度发射的结果。脱靶的鱼雷撞向南岸，在岸边爆炸激起冲天巨浪，堤岸严重破损。南岸上的湘军心惊肉跳，

江心岛例如九苻洲之类的要塞阵地，目睹了这样一场完全任人宰割的水战之后，不待舰队靠近发起掩护陆军登陆作战，直接挂出了白旗。还真是明智。

消灭了湘军水师部队，第二兵团的大量人员和装备在舰队的掩护下，从靠近安徽边界的地方渡过长江，一天一夜，帆船队不停往来运送部队。部分“河”级舰船和快艇也参加了渡运陆军的行动。第二天，第二兵团两个师开始从南京西面向南京攻击前进了。而在南京江面，三条1500吨的舰艇上的大小炮一直不断向湘军轰击。

曾国峑向李鸿章、左宗棠的求救完全没有回音。无奈之下在我军大举渡江时，带领主力向南撤退。降将马清仪被留下来守城殿后。张玉祥不知道面前的这个敌军将领本来是要被一个与他同名同姓的勇士刺杀的。，水陆夹击，半天时间南京的城防就崩溃了。乱哄哄逃出城的马清议部队又遭到占领镇江的我军部队截杀，大部分当了俘虏，侥幸跑到无锡附近淮军防区的溃兵被李鸿章缴械。这个李鸿章让所谓的常胜军洋枪队出面解除湘军败兵武装。既不得罪我们，也可以向曾国藩推托解释。真是狡猾。对被缴械后的湘军还算礼遇，很多直接打散后补充到他自己的部队。没有找到马清仪，后来据俘虏交待，马清仪和身边的几个卫士被江面上飞来的一颗大炮弹炸得血肉横飞、粉身碎骨。但最后还是没有得到确切证据。